Административная деятельность Михаила Александровича продолжалась более двух лет - до апреля 1917 года, когда он был назначен помощником флаг-капитана по оперативной части штаба Балтийского флота. Оперативная часть - мозг штаба — ведала разработкой планов операций и их выполнением. Но сам флот был уже другим: февральская революция 1917 года в корне изменила положение дел на кораблях и в штабах - революционный взрыв вызвал падение дисциплины и боеспособности. Балтийцам приходилось обороняться и отступать. На долю М.А.Петрова выпали Моонзундское сражение осенью 1917 года и Ледовый поход весной 1918 года, когда (в январе 1918 года) флаг-капитан по Оперативной части талантливый контр-адмирал князь М. Б. Черкасс кий был уже уволен в отставку.
После революции в октябре 1917 года М.А. Петров остался во флоте, ставшем Рабоче- Крестьянским и Красным — РККФ. В 1919 году он было перешел на преподавательскую работу в Морскую академию, но вскоре вновь вернулся на оперативную, занимая в 1920—1921 годах ответственную должность начальника Оперативного управления Морского штаба Республики.
Заслуги М.А.Петрова на этом посту высоко оценил командующий Морскими Силами А.В.Немитц. Очевидно, что не без ходатайства последнего Михаил Александрович в августе 1921 года был назначен начальником Морской академии.
На этом высоком посту М.А.Петров энергично занимался нс только учебным процессом. но и наукой. Он принял участие в дискуссии "флот морской или флот воздушный". вызванной преувеличением некоторыми военными роли авиации в войне. "Флот морской" получил право на существование, подтвержденное в 1924- 1925 годах Наркомвоенмором М.В.Фрунзе, который исключительно верно оценивал роль морских сил в обороне государства.
Однако еще до прихода (1924 год) на свой пост М.В.Фрунзе. М.А.Петров, видимо вследствие практиковавшихся тогда частых перестановок кадров и интриг. 28 апреля 1923 года был освобожден от должности начальника академии, а 4 февраля 1924 года и вовсе уволен в отставку. Находясь в отставке, он продолжал преподавательскую и научную деятельность в академии. В августе 1927 года, но выбору нового начальника Военно-Морских сил РККА бывшего матроса и революционера со стажем Р.А. Муклевича, М.А.Петров был назначен начальником Учебно-строевого управления ВМС РККА. Это управление, после упразднения штаба РККФ, фактически ведало вопросами строительства и боевого применения флота. Не вдаваясь в мелкие подробности, следует прямо сказать, что эта должность примерно соответствовала современной должности начальника Главного штаба Военно-Морского Флота.
