Яковлев все же сумел добиться решения Военно-промышленной комиссии (ВПК) о постройке войсковой серии бомбардировщиков на одном из лучших авиазаводов страны. Еще до начала госиспытаний, 5 января 1956 г. вышло Постановление Совета Министров №16-10сс (12 января был издан приказ МАП №20сс), согласно которому московский завод №30 при участии ОКБ-115 должен был до конца года построить опытную партию Як-26 из 10 машин. Устранить обнаруженные при испытаниях недостатки конструкторы пытались путем доработки крыла, оперения и носовой части фюзеляжа. Почувствовав, что дело заходит в тупик, Главный конструктор сменил своего первого заместителя К.А.Виганта, курировавшего тему, на молодого и энергичного С. Г.Кулагина. Одновременно на завод №30 представителем ОКБ-115 был направлен только что назначенный заместителем Главного конструктора Е.Г.Адлер.
Заинтересованное в скорейшем принятии на вооружение сверхзвукового фронтового бомбардировщика руководство ВВС торопило разработчиков с предъявлением на испытания второго летного прототипа Як-26, которым стал третий построенный самолет (второй, видимо, использовали для статиспытаний). 28 марта 1956 г. вышло Постановление ЦК КПСС и Совмина №424-261, в котором требовалось закончить работы по Як-26 с РД-9Ф и предъявить его на испытания в III квартале года. Максимальная дальность на высоте 12-14 км с бомбовой нагрузкой 1200 кг задавалась в 2200-2400 км при скорости 800- 900 км/ч. Разбег и пробег не должны были превышать 1100 м. Як-26-3 отличался от первого прототипа отсутствием выступавшего за обводы фюзеляжа обтекателя антенны ПСБН-МА (отверстие в фюзеляже зашили) в связи с установкой вместо радиоприцела системы РЫМ-С, наличием кормовой 23-мм пушки АМ-23 и двигателями РД-9Ф с тягой 2750 кгс на максимальном режиме и 3800 кгс на форсаже. В варианте штурмовика в бомбоотсеке на специальных пусковых устройствах могли подвешиваться реактивные снаряды следующих типов:
| Тип | Кол-во | Тип | Кол-во |
| АРС-240 | 2 | ТРС-212 | 8 |
| КАРС-212 | 4 | ТРС-132 | 30 |
| КАРС-160 | 12 | КАРС-57 | 140 |
| ТРС-82 | 125 | | |
Вместо реактивных снарядов в бомбоотсеке можно было установить батарею из четырех 23-мм пушек с суммарным темпом стрельбы 12000 выстрелов в минуту и боекомплектом 1200 снарядов или контейнер для 1000 мин типа «Град». Кроме того, в перегрузку и при снижении летных характеристик под консолями предусматривалась подвеска:
| Тип | Кол-во | Тип | Кол-во |
| АРС-240 | 2 | ТРС-82 | 20 |
| КАРС-212 | 4 | ТРС-132 | 12 |
| ТРС-212 | 4 | КАРС-57 | 38 |
| КАРС-160 | 14 | | |
