Работа на посту выборного директора оказалась чрезвычайно трудной для Александра Степановича. Институт, получивший автономию, продолжал тем не менее оставаться в ведении министерства внутренних дел. В сложной политической обстановке 1905 г. Александр Степанович отстаивал права на свободу института, выдерживая крупные разговоры с градоначальником Петербурга, с царским министром Дурново, недовольным тем, что в аудиториях института не прекращались митинги и собрания.
В конце декабря А. С. Попова вновь пригласили к министру. Произошла очередная крупная размолвка по поводу того, что в Электротехническом институте, как стало известно полиции, Владимир Ильич Ленин читает кружкам студентов лекции по историческому материализму. Дурново требовал от А. С. Попова выдачи разрешения полицейским агентам на вход в институт для наблюдения за студентами. Попов наотрез отказался. После этой беседы Александр Степанович слег из-за сердечного недомогания. К вечеру того же дня он, несмотря на болезнь, поехал на заседание физического отделения Русского физико-химического общества, где его единодушно избрали председателем отделения. Этим избранием учёные России отдали должное одному из своих лучших физиков. Новые волнения, хотя и радостные, ещё более отразились на здоровье Попова. Ему стало плохо ещё на заседании; добравшись домой, он слёг, а 13 января 1906 г. в 5 часов вечера умер в возрасте всего 46 лет.
Ушёл в могилу большой учёный, крупнейший русский изобретатель, раскрывший человечеству новую область знаний, отличавшийся большим упорством и настойчивостью в достижении поставленной перед собой цели, не отступавший перед, казалось, неразрешимыми техническими трудностями.
Искровой телеграф, созданный гением А. С. Попова, был тем началом, из которого на протяжении всех последующих лет родились современные радиовещание, телевидение, радиофототелеграфия, радиотелемеханика и радиолокация.
Роль радио в нашей жизни, в нашем движении к коммунизму колоссальна. И как бы далеко ни ушла вперёд в своём развитии современная радиотехника, мы никогда не забудем ни первых радиостанций А. С. Попова, ни первых рыбаков, спасённых с помощью радио. Мы всегда будем гордиться тем, что радио родилось в нашей стране и что создал его замечательный русский учёный, верный сын нашей Родины — Александр Степанович Попов.
