После кровавого воскресенья 9 января 1905 г. и ленских событий было решено на студенческих сходках в институте прекратить учебные занятия. Они возобновились лишь в октябре того же года.
В общежитиях студентов и учебных помещениях Электротехнического института полиция пыталась организовать слежку, обыски и облавы. В этот период в институте неоднократно скрывался от преследований царской охранки создатель и организатор большевистской партии и первого в мире социалистического государства В. И. Ленин. 17 сентября 1905 г. институту было предоставлено автономное управление, что означало передачу единоначалия выборным лицам. Совету института предоставлялось право принимать меры по обеспечению нормальной академической жизни. Первым выборным директором института с 26 сентября 1905 г. стал А. С. Попов. Характерно его письмо от 1 октября 1905 г. по поводу избрания:
«Дорогие товарищи!
26 сентября вы оказали мне высокую честь единогласным избранием меня первым директором автономного Электротехнического института. То единодушие, которое выразилось в избирательном собрании в связи с пожеланиями, ранее выразившимися в заседании секции Академического совета в нашем институте, совершенно лишило меня возможности возражать против моего избрания по каким бы то ни было личным соображениям. Я рассуждал, что в таком важном деле, как выбор директора в настоящее трудное время в жизни высших учебных заведений, коллективный разум должен стать выше личного. Как член совета, в котором за своё четырёхлетнее пребывание в институте я не наблюдал никакого разногласия по сколько-нибудь важным вопросам, я не мог принять результаты баллотировки, как благоприятную для себя случайность, и счёл, что долг товарища обязывает меня принять в высокой степени трудное дело, возлагаемое на меня…»
15 октября 1905 г. под председательством А. С. Попова состоялось заседание совета института с участием всего профессорско-преподавательского состава. Состав единодушно вынес постановление, в котором говорилось:
«…Свобода собраний составляет насущную потребность и неотъемлемое право всего населения, особенно в переживаемое ныне трудное время. Эта свобода собраний не обеспечивается…
Поэтому совет, признаёт, что он не имеет не только возможности, но и нравственного права препятствовать устройству публичных собраний в помещении института какими бы то ни было средствами, в том числе и закрытием института. Всякое насильственное вторжение властей в жизнь института не может успокоить, а только ухудшит положение дела. Успокоение учебных заведений может быть достигнуто только путём крупных политических преобразований, способных удовлетворить общественное мнение всей страны…». Первым подписал это постановление А. С. Попов.
