Такое решение задело и самолюбие Нестеренко, так как не было принято во внимание его мнение. Стало также ясно, что маршал Неделин находится в зависимости от С. П. Королева.
Кроме начальника штаба полковника А. С. Буцкого заместителями начальника полигона были назначены: по опытно-испытательным работам — подполковник А. И. Носов, по научно-испытательной работе и службе измерений — полковник А. А. Васильев, главным инженером — подполковник А. П. Метелкин, заместителем по строительству — подполковник Н. Н. Васильев, начальником тыла — полковник В. А. Лебедев, заместителем по режиму и охране — полковник Н. Д. Силин, заместителем начальника штаба — полковник Д. П. Ковель, начальником оперативного отдела — подполковник А. М. Войтенко.
Все заместители были участниками Великой Отечественной войны, удостоены высоких правительственных наград. Даже склонный к покровительственно-задиристому поведению по отношению к военным заместитель Королева Л. А. Воскресенский всегда вел разговор с замами начальника полигона в уважительно-корректном тоне.
Основным органом управления космодрома являлся штаб. В 1955 году он состоял из шести отделов. Отдел планирования и обеспечения научно-испытательных работ и испытательных полей (подполковник А. М. Войтенко) с первого дня своего существования стал организующим и планирующим органом штаба, осуществляющим постоянную связь и взаимодействие со всеми службами полигона. А. С. Буцкий вспоминал: «Главная роль в организации постоянного и действенного контроля принадлежала оперативному отделу штаба. Полковник Войтенко, с присущей ему настойчивостью и требовательностью к себе и подчиненным, успешно справлялся с возложенными на отдел задачами, настойчиво обучал и требовал от подчиненных добиваться изучения истинного положения дел на контролируемом участке, умело использовал опыт работы штаба полигона Капустин Яр, не стеснялся учиться и набираться опыта у своих товарищей».
С момента своего создания штаб полигона занимался вопросами организационно-штатного строительства и развития НИИП-5, такими как: разработка и утверждение штатов и на управление полигона, и на входящих в его состав частей и подразделений; подбор кадров; формирование и укомплектование управления полигона, научно-испытательных отделов, контроль за ходом комплектования личным составом частей и подразделений; организация специальной подготовки инженерно-технического состава; размещение личного состава, семей офицеров, рабочих и служащих; организация снабжения, питания, культурного обслуживания личного состава и населения поселка; контроль за ходом строительства объектов, организация тесного взаимодействия, взаимопомощи и сотрудничества с военными строителями 130-го УИР.
