Русская Церковь, преследуемая у себя на родине, долгое время не могла влиять на афонскую ситуацию. Лишь после Великой Отечественной войны и «перемирия» между советским государством и Церковью появилась возможность как-то заявить протест против жесткой эллинизации Афона. В 1948 году на торжествах, посвященных 500-летию автокефалии Русской Православной Церкви, впервые после революции в России прозвучали официальные выступления в защиту русских святогорцев. Их настойчивость побудила греческую сторону на ужесточение позиции.
К тому же периоду относятся визиты советских дипломатов на Афон: самый первый из них состоялся в 1946 году. Можно предположить, что на новом историческом этапе СССР был не против включить в свою орбиту русский Афон и мог использовать естественную тягу к нему со стороны Московского Патриархата. Сами святогорцы весьма холодно встречали дипломатов – «соотечественников», которые при входе в церковь даже не осеняли себя крестным знамением. В начале 1950-х годов Московский Патриархат, опять-таки в сотрудничестве с МИДом, предложил свое покровительство русскому Афону, однако подобное предложение было отвергнуто. После этого российские иерархи стали проводить радикальную политику, требуя у Константинопольского Патриарха переведение русских обителей к себе в юрисдикцию. К середине 1950-х годов позиция Русской Церкви смягчилась, а в 1957 году Московский Патриархат официально обратился в Константинополь и к греческому правительству с просьбой разрешить приезд из СССР десяти монахам. Ответа не последовало.
На рубеже 1950–1960-х годов Русскую Церковь парализовали хрущевские гонения, но по их окончании она опять стала выступать против эксцессов греческой политики на Афоне: иерархи Московской Патриархии публично выступали с протестами.
Наконец, в 1966 году, спустя полвека, на Афон прибыло первое пополнение русского монашества: по особой договоренности между Московским Патриархатом с одной стороны и Константинопольском Патриархатом и греческим правительством – с другой в братство Пантелеимоновского монастыря было включено пять новых монахов. Через четыре года из СССР прибыла вторая партия иноков, а за ней – следующие пополнения. Русский монастырь выстоял.
Иначе сложилась судьба двух крупнейших афонских скитов, основанных и отстроенных некогда русскими монахами, – Ильинского и Андреевского: в начале 1990-х годов они перешли в греческие руки.
Многочисленные русские малые обители, рассеянные по всему полуострову, в большинстве своем стоят заброшенными. Некоторые из них разобраны, за исключением церквей: их, по афонским традициям, трогать нельзя. Один из таких пустых храмов обрушился в 1997 году (см. об этом главу «Келлия Св. Иоанна Богослова»).
