В то же время практика показала, что пограничной страже все равно приходилось участвовать в военных конфликтах, решать боевые задачи как совместно с армией, так и самостоятельно. Уже во время Восточной (Крымской) войны 1853–1856 гг. подразделения пограничной стражи, охранявшие побережье Крыма, были вынуждены оборонять некоторые свои участки от десантов противника. Иногда их использовали в авангардах войск и в других элементах боевых порядков по решению войскового командования. Вместе с тем пограничное руководство, которое стремилось сохранить ведомственную независимость и сберечь кадры, данную практику не одобряло[2].
Отсутствие взаимодействия между пограничной стражей и армией дало о себе знать в период Польского восстания 1863 г. В начале восстания войска Варшавского округа (около 90 тыс. человек) оказались совершенно не подготовленными к отпору немногочисленных сил противника. Вся тяжесть борьбы в приграничных районах легла на пограничную стражу, в рядах которой насчитывалось лишь 3 тыс. человек. Очевидно, что данная задача была для нее непосильна. В результате южная и западная границы Варшавского округа оказались открытыми для прохода вооруженных формирований, ввоза оружия, боеприпасов и другого военного имущества для повстанцев. Пламя борьбы охватило не только территорию Польши, но и ряд других западных губерний Российской империи. Боевые действия продолжались до марта 1864 г.[3]
Проблема взаимодействия вновь остро встала в период русско-турецкой войны 1877–1878 гг. на Кавказе. Там с началом военных действий пограничной страже пришлось решать многие задачи в интересах армейского командования, причем задачи не только оборонного, но и наступательного характера и не только на своей территории, но и за ее пределами. Боевая практика показала эффективность такого сотрудничества, которое, однако, опять же было затруднено из-за расхождения межведомственных интересов.
В результате изучения и обобщения богатого исторического опыта в 1882 г. было утверждено «Положение об употреблении пограничной стражи на случай войны». Согласно этому Положению с началом войны все пограничные войска, находившиеся на театре военных действий, передавались в состав действующей армии и переподчинялись воинскому начальнику, который получал право использовать их по своему решению. В связи с этим пограничная стража впервые обрела организацию, вооружение и снаряжение, во многом схожие с армейскими. К 1899 г. все командные должности в ОКПС вплоть до начальников пограничных округов были укомплектованы офицерами и генералами, переведенными из армии.
