Генералы хандрили и просились в отставку. Бертье получил разрешение покинуть Египет, но в последний момент передумал и остался на посту начальника штаба. Генерал Дюма добился справки о плохом состоянии здоровья, и Бонапарт отпустил его во Францию.
Главнокомандующий сохранял хладнокровие. Он взял в Сирийский поход ученых, инженеров и администраторов, но оставил в Каире свою любовницу. Бонапарт освободился от всего, что могло отвлечь его от великой миссии создания империи на Востоке.
Институт Египта, новое государственное устройство страны — первые шаги по этому пути. Он включил интеллектуалов в состав экспедиции для того, чтобы они помогли ему в деле преобразования Востока. Наполеон верил, что он достигнет своей цели, несмотря на гибель флота и дипломатические неудачи.
Он сравнивал себя с Александром Великим, который усилил свою армию за счет местных народов и племен. Бонапарт рассчитывал на помощь христиан, евреев, друзов, маронитов и других сирийцев; узнав о его успехах, мамелюки и африканцы также должны пополнить ряды Восточной армии.
Наступление французов сдерживалось крепостями с сильными гарнизонами. Бонапарт не любил вести осаду. Его нетерпеливая натура плохо мирилась с необходимостью монотонной и кропотливой работы. Он любил стремительное наступление и сокрушительные удары.
В начале марта 1799 года французы достигли крепости Яффа. Саперы проделали брешь в стене, и Бонапарт предложил осажденным сложить оружие. Ранее этот прием хорошо работал, но гарнизон Яффы повел себя иначе: турки обезглавили парламентеров.
Французы, разгоряченные алкоголем, ринулись на штурм. Они мстили за своих товарищей и резали всех, кто попадался под руку. Мужчины, женщины и дети гибли под штыками. Солдаты продолжали убивать до глубокой ночи, пока их силы не иссякли. Уцелевшие турецкие воины заперлись в цитадели.
Бонапарт направил двух юных адъютантов для переговоров, одним из них был Евгений Богарне. Бей, командовавший турецкими воинами, согласился сдаться при условии, что французы сохранят пленникам жизнь.
Достигнув желаемой договоренности, турки сложили оружие. Увидев их, Наполеон пришел в ярость. Он не знал, что делать с пленными. Любое решение казалось плохим: если их отпустить, они снова пополнят ряды вражеской армии; если их конвоировать, это потребует отвлечения сил; возвращение армии в Египет — крушение грандиозных планов.
Бонапарт созвал совет. После долгих прений генералы согласились, что пленников надо казнить. Никто из них не задал естественного вопроса: зачем вообще вести эту войну?
