Бонапарт основал Институт Египта и участвовал в его заседаниях. Цели учреждения были определены так: способствовать прогрессу и пропагандировать просвещение в Египте; проводить исследования, изучать естественную историю, хозяйство и историю Египта и публиковать результаты работ; высказывать мнения по вопросам, вносимым правительством. Ученые составили и начали выполнять обширные научные программы.
Наполеон заполнил свои дни трудами и заботами. Между тем его тревога нарастала: он не имел никаких известий от Талейрана. Выехал ли тот в Константинополь? Можно ли надеяться на помощь французского правительства?
Ситуация стала ухудшаться. Беи мамелюков продолжали сопротивление в Верхнем Египте, а в Сирии собиралась новая вражеская армия. Турецкий султан объявил войну Франции, которая теперь в одиночку боролась против сил Порты, Англии и России. Победа Нельсона увеличила число врагов республики.
В октябре жители Каира восстали против оккупантов. Бонапарт применил артиллерию и быстро восстановил порядок, после чего приказал провести расследование и казнить виновных. Он уделил особое внимание поиску зачинщиков и подстрекателей.
Подавив мятеж, Бонапарт решил придать Каиру современный облик. Началось строительство широких бульваров и понтонного моста через Нил.
В конце года Наполеон отправился в короткую экспедицию по следам древнего канала, который должен был соединять Красное и Средиземное моря. Он нашел его следы и приказал начать подготовительные работы по обследованию и выравниванию уровней грунта на Суэцком перешейке.
Бонапарт вернулся в Каир, посмотрел вблизи и замерил великие пирамиды. Мирная передышка заканчивалась. Генерал уже знал, что вражеская армия медленно движется из Сирии в Египет.
Он решил ее опередить и выступил навстречу врагу. Генерал Дезэ сражался с мамелюками в верховьях Нила.
Наполеон не приобрел союзников в Африке и Азии, но продолжал попытки диалога: он направлял своих уполномоченных и слал письма восточным правителям. Один из эмиссаров поехал в Константинополь. Бонапарт надеялся, что он встретит там Талейрана, и испытывал крайнее нетерпение по поводу миссии французского министра иностранных дел.
С самого начала Египетского похода дисциплина в армии оставляла желать лучшего, и были случаи неповиновения. Жара, глазные болезни, вспышки чумы угнетающе действовали на солдат. Чтобы не вызвать паники, Наполеон и медицинское начальство именовали чуму заразным заболеванием, лихорадкой, сопровождаемой бубонами. В портах Средиземного моря и в Каире работали карантинные станции.
