Белогвардейские власти немедленно сообщили об аресте бакинских комиссаров Фунтикову и генералу Маллесону. Фунтиков дал указание задержать арестованных в Красноводске.
В статье «Двадцать шесть бакинских комиссаров», опубликованной в журнале «Фортнайтли ревью» в 1933 году, то есть через 15 лет после описываемых событий, генерал Маллесон откровенно признавался:
«Рано утром беспроволочный телеграф Красноводска известил нас об их прибытии. Это была новость первостепенной важности. Группа крупнейших агитаторов России внезапно очутилась на нашем берегу, и было очень возможно, что страна с непостоянным, колеблющимся населением снова очутится на стороне большевиков. Что бы случилось тогда с нашим планом? Какова была бы судьба наших войск? Они обладали, — писал генерал, — страшным оружием — силой агитаторского таланта, благодаря которому массы переходили на их сторону и возникали новые большевистские восстания».
Утром, в день ареста комиссаров, в английскую миссию явились представители закаспийского «правительства», которые, по словам Маллесона, согласились с ним, что «присутствие этих людей в Закаспии нежелательно...», а также с тем, что «большевики безопасны только мертвые».
Председатель Красноводского «правительственного» распорядительного комитета эсер Кун в телеграмме Бичерахову, в то время командовавшему войсками Диктатуры Центрокаспия, требовал предать комиссаров и Татевоса Амирова военно-полевому суду. Бичерахов от имени Диктатуры Центрокаспия поддержал это требование.
Никакого судебного разбирательства, конечно, не было и быть не могло. Все решалось английской военной миссией и контрреволюционным эсеровским «правительством».
Бакинские комиссары находились в полной изоляции, не знали и не могли знать, что творилось во вражеском лагере. Последние три дня жизни, которые были отпущены им волей английских оккупантов, прошли в невероятно тяжелых условиях.
Сразу же после ареста Степан Шаумян составил на имя Диктатуры Центрокаспия радиограмму, в которой просил разъяснить местным властям, что они из Баку выехали по распоряжению Диктатуры, требовал, чтобы их вывезли если не в Астрахань, то в Петровск. Эта радиограмма не была отправлена по назначению.
По личному распоряжению Фунтикова был сформирован экстренный поезд. На него погрузили водку и продукты. 19 сентября Тиг-Джонс, Фунтиков и сопровождавшие их лица прибыли в Красноводск. Красноводский «правительственный» распорядительный комитет и английское командование устроили секретное совещание, на котором были обговорены все детали казни бакинских комиссаров.
