Дело рассматривалось под председательством члена Военной коллегии Верховного Суда СССР П. А. Камерона. Членами суда были старые большевики и активные участники революционной борьбы в Закавказье М. Б. Касумов и И. И. Анашкин. Государственное обвинение поддерживал помощник прокурора Верховного Суда СССР С. И. Кавтарадзе, защищали Фунтикова два адвоката — Кланк и Сарумов.
...Два красноармейца ввели Фунтикова в зал суда. Это был человек среднего роста, одетый в поношенную чуйку и сапоги, с густой бородой на слегка продолговатом лице. Опустив глаза, Фунтиков тяжелым шагом прошел через зал и занял место на скамье подсудимых. Внешне держался спокойно. Только глубоко запрятанные под нависшими бровями глаза смотрели настороженно.
Это был уже не тот Фунтиков, с залихватски закрученными усами, наглым взглядом острых колючих глаз, каким его знали в Ашхабаде, когда он был главой закаспийского контрреволюционного мятежного правительства.
На вопросы членов суда Фунтиков отвечал не спеша, лаконично.
Хотя и с некоторыми оговорками, он признал себя виновным в организации контрреволюционного восстания и захвате власти в Закаспийской области, в связях с английским командованием и в расстреле 9 ашхабадских комиссаров.
Вместе с тем Фунтиков всячески пытался отрицать свою причастность к расстрелу бакинских комиссаров.
«В заседании закаспийского правительства, состоявшемся по этому поводу, участия не принимал, на расстреле не присутствовал», — заявил он, видимо, в надежде на то, что доказательства, уличающие его, не будут найдены.
Суд самым тщательным образом исследовал доказательства, обосновывающие предъявленные Фунтикову обвинения, уделил большое внимание выяснению обстоятельств, приведших к временному падению Советской власти в Баку и аресту бакинских комиссаров «правительством» Диктатуры Центрокаспия и Временного исполнительного комитета, выяснению предательской роли эсеров, меньшевиков и дашнаков в трагической судьбе бакинских комиссаров, связям правых партий с английским командованием.
Суд допросил активных участников революционных событий Л. Гогоберидзе, Л. Мирзояна и других, сына Степана Шаумяна — Сурена, находившегося с отцам до последнего момента, когда Степана Шаумяна и других комиссаров вывели из тюрьмы на казнь. Суд внимательно изучил свидетельские показания Анастаса Ивановича Микояна, данные им на предварительном следствии. К делу были приобщены также документы, собранные активным участником революционного движения в Туркестане А. Мелькумовым и помещенные в его книге «Материалы революционного движения в Туркмении. 1904–1919 гг.», документы, опубликованные в книге эсера В. Чайкина «К истории Российской революции. Выпуск I. Казнь 26 бакинских комиссаров», мемуары английского генерала Денстервиля. Детально исследовались также показания ранее осужденных за участие в убийстве бакинских комиссаров.
