Обвинения, предъявленные Максиму, были весомы — не следует забывать, что «иосифляне» были и сами изрядными книжниками. Они скрупулезно проработали все писания Максима, разобрали канонические и догматические утверждения, рассмотрели исправления, внесенные им в книги. Упорно высказываемая им мысль о неудовлетворительности славянских переводов богослужебных книг была признана ересью. Роковую роль сыграли описки писцов и собственное плохое знание Максимом русского языка — не сбылось предположение братии, отправлявшей его в Москву, что он сможет легко постигнуть этот язык. Например, среди откровенно еретических утверждений Грека было такое, что сидение Христа одесную Отца есть лишь минувшее, а не предвечное. Вызвано оно было простым незнанием — Максим не понимал разницы между настоящим и прошедшим временем — «сидит» и «сидел».
Его проповедь аскетизма и монашеской нестяжательности была представлена как хуление русских подвижников, допускавших владение монастырями вотчин. Да к тому же сам Максим в полемическом запале признал, что сомневается в автокефальности русской церкви.
Среди выдвинутых против Максима обвинений был и шпионаж в пользу турок — ему пеняли знакомство с турецким послом Скиндером, которому он якобы слал потаенные грамоты. В том же обвиняли и архимандрита Новоспасского монастыря Савву и людей из окружения Юрия Траханиота, долгие годы исполнявшего дипломатические поручения московского двора. К тому времени Траханиот умер, но его люди принадлежали к «греческой партии», которую подозревали в интригах, направленных против союза султана и великого князя. Обвинения в шпионаже Максим отверг, и у следствия не нашлось улик, чтобы подтвердить подозрения. Труднее было оправдаться, когда всплыли его связи с опальными боярами, в том числе и Беклемишевым по прозвищу Берсень, попавшим при Василии Ивановиче в опалу.
Боярин не одобрял женитьбу князя Ивана на принцессе Софье и появившиеся после той свадьбы порядки. Сыну Софьи он осмеливался перечить и пенять на «приверженность грекам» и «перемену обычаев». На допросе Максим показал, что слышал от Ивана Никитича Беклемишева, как тот говорил, де Софья «какова бы ни была, а к нашему нестроенью пришла», и тужил о том, что великий князь «старых не почитает» и «запершись, сам-третей все дела у постели решает». На очной ставке Беклемишев опровергал показания Максима, но потом все-таки признал свои слова. Именно эти, сделанные на очной ставке признания послужили причиной суда, на котором Ивана Берсеня-Беклемишева приговорили к смертной казни. Зимою 1525 года, по обычаю, его обезглавили на льду Москвы-реки.
