После Пасхи 1467 года Иван Васильевич отправился по делам в Коломну, где его и застало известие о кончине княгини. После смерти тело Марии Борисовны необыкновенно раздулось, и знающие люди твердили, что это указывает на отравления ядом, а расследование установило, что беда приключилась вскоре после того, как вхожая в терем княгини Наталья Полуектова, жена дьяка Алексея, носила пояс княгини какой-то знахарке. От большой беды заподозренных в злодействе спасли прежние заслуги самого дьяка, приведшего в 1463 году «под руку князя» город Ярославль, а более того то, что сыскные ярыги так и не смогли отыскать ворожею, которой дьякова женка носила пояс. Гнев князя разрешился лишь высылкой Полуектовых из Москвы и запретом являться на глаза.
Хлопотавший о сватовстве византийской принцессы Зои Палеолог кардинал Виссарион был уроженцем Трапезунда, по рождению православным греком из простолюдинов. Благодаря исключительно выдающимся способностям он еще совсем молодым человеком сумел добиться больших успехов, став знаменитым «знатоком книжной науки» и одним из лучших духовных полемистов. Именно его выбрали для участия в дебатах с католиками при обсуждении вопроса о заключении унии — объединения двух христианских конфессий под эгидой римских понтификов. Перед поездкой в Феррару, где должны были состояться прения, для придания большей солидности статусу Виссариона, его возвели в сан никейского архиепископа. На знания и ум молодого богослова возлагались большие надежды, но в Италии с никейским архиепископом произошла печальная для противников унии трансформация — неожиданно для всех Виссарион признал правоту католиков и перешел в стан сторонников объединения. Сам он утверждал, что поступил так, убедившись в правоте оппонентов, а также желая объединить христиан против турок, грозивших Византии, но для православных греков это звучало неубедительно, и для них Виссарион стал предателем. Пойдя избранным им путем, Виссарион стал участником заключения флорентийской унии, принял сан католического кардинала и поселился в Риме, но при всем при том продолжал считать себя греческим патриотом. Он выступал в качестве римского поверенного в греческих делах, и принял на себя заботу о членах августейшего семейства после падения Константинополя и захвата Византийской империи турками.
Принцесса Зоя вместе со своей семьей бежала на остров Корфу, а оттуда в Рим, где отец ее, опираясь на поддержку кардинала Виссариона, пытался получить от папы Пия II помощь для борьбы против турок. Девочке было двенадцать лет, когда он скоропостижно умер и заботу о ней и братьях — Андрее и Мануиле — кардинал принял на себя. Согласно воле покойного отца, дети Фомы Палеолога воспитывались в лоне католической церкви, одевались, соблюдали обычаи, посещали храмы наравне с природными латинянами. Наставник принцев и принцессы кардинал Виссарион постарался дать им лучшее образование, добился выделения денег на содержание небольшого двора. В те дни Зоя в официальных документах называлась «возлюбленной дочерью римской церкви, питомицей апостольского престола».
