Архиепископ Геннадий, однако, не думал сдаваться. Не имея успеха в Москве, он пришел к выводу, что нужно сокрушить учение караимской секты, обличив его в религиозной полемике. Тут-то и пригодился прибывший в Новгород Никола Бюлов. Немецкий ученый довольно скоро исполнил ту работу, ради которой приехал; при этом им был найден математический ключ, который давал возможность составления «вечной пасхалии»: выяснилось, что по истечении периода в 532 года числа Пасхи повторяются в том же порядке, в каком они шли в предыдущем периоде.
Но кроме того, Бюлов, легко овладевший русским языком, и ряд других книжников по просьбе архиепископа Геннадия отыскали и перевели полемические книги: «Магистра Николая Делира, чина меньших феологии последователя, прекраснейшие стязания, иудейское безверие в православной вере похуляюще»; «Обличение Самоила Евреина на богоотметные жидове, обличительно пророческих речьми глав 25» и «Иаков жидовин, вера и противление крестившихся иудей во Африкии и Карфагене», специально предназначавшихся для обличения ереси «жидовствующих».
Кроме иноземцев архиепископ Геннадий привлек к сложной и кропотливой работе русского переводчика Дмитрия Герасимова, знавшего латинский и немецкий языки. По заданию архиепископа Герасимов два года провел в Венеции и Риме, подбирая нужные полемические материалы. Он близко сошелся с папским книгохранителем Яковом и получал от него ценные книги, переводы с которых посылал в Новгород.
Одновременно с накоплением материалов против еретиков архиепископ вел активную переписку с другими епископами митрополии и, заручившись их поддержкой, стал добиваться созыва собора «против жидовствующих». Не дожидаясь собора, кое-кто из «жидовствующих» загодя дал стрекача: в Литву бежали московский княжий писец Иван Черный да Игнат Зубов.
Впрочем, остальные строгого наказания избежали; их спасла ловкость митрополита Зосимы, который обернул дело так, что от Бога все присутствующие поставлены не казнить, а обращать к покаянию. В конечном итоге решено было отправить в Новгород протопопа Гавриила, пасквилянта чернеца Захария, первого из совратившихся попа Дионисия; товарищ Дионисия поп Алексей, которого он привел к Схарии, умер года за два до собора. Вместе с главными персонажами собор выслал в Новгород несколько второстепенных сектантов.
Торжествуя победу над давним противником, архиепископ Геннадий распорядился встретить обоз с еретиками за четырнадцать верст от города. Здесь всех осужденных переодели в вывернутые наизнанку одежды, усадили на коней лицом к хвосту, а на головы им водрузили разрисованные пляшущими бесами берестяные островерхие шлемы с мочальными кистями и надписью «се есть сатанинское воинство». В этом нашли отражение консультации архиепископа с посланником германского императора Фридриха III Георгом фон Турна и монахом-доминиканцем Вениамином относительно практики испанской инквизиции. Как мы видим, кое-что — а именно расписные колпаки — сочли возможным перенять.
