Затем еретиков отправили в Новгород, к архиепископу Геннадию, для духовного увещания. Вместе с тем митрополит распорядился начать следствие в отношении тех, кого архиепископ занес в представленные им списки «жидовствующих». И вскоре уже в распоряжении архиепископа Геннадия оказалось немало показаний. Главный идеолог «жидовствующих» Схария все еще жил в Новгороде, но с него взятки были гладки — иностранный купец, ведший большой торг, он был защищен всеми законами торговли. Духовная власть не могла предъявить ему претензий, так как Схария был иудей и, исповедуя свою веру, никаких законов православной церкви не нарушал. Ну, а то, что его слушали и ему следовали, так то вина тех, кто находил возможным, услышав, предать свою веру.
С теми из совращенных «жидовствующими», кто раскаялся, поступали довольно мягко — на них наложили епитимью, запретив входить в храмы во время службы, заставляя стоять у паперти, прислушиваясь к происходящему внутри. Упорствующих — а такие встречались — наместник наказывал по светскому закону, потчуя «кнутием». Такое положение дел в Новгороде продолжалось, покуда не прошел слух, что дьяк Курицын вернулся из венского вояжа. Как только об этом стало известно, многие еретики сбежали в Москву. Оказалось, что каялись они притворно.
И снова пошли в столицу грамоты с обвинениями, показаниями и прочими подробностями следствия. Но ответа на них не было. Сказывалась ли старая неприязнь Геронтия к Геннадию — а отношения у них были непростые, — либо позиции «жидовствующих» в Кремле стали как никогда крепки, но в конце концов архиепископ понял, что на помощь Москвы ему уповать не приходится. Покровители еретиков блокировали любые обвинения Геннадия и сами переходили в наступление. Сосланный архиепископом Геннадием в дальнюю пустынь чернец Захарий был возвращен в свой монастырь в Немчинове, откуда он в 1487 году отбыл в Москву, прижился там и рассылал в разные места грамоты, в которых называл Геннадия Гонзова еретиком.
О тогдашнем положении дел в Московском государстве говорит такой факт: после смерти Геронтия митрополитом в сентябре 1490 года был поставлен архимандрит московского Симонова монастыря Зосима, сам уже давно ставший тайным «жидовствующим».
Возведение на кафедру Зосимы сопровождалось грубейшим попранием обычаев — митрополита должны были избрать епископы, но, опасаясь назревавшего скандала, великий князь по наущению покровителей беззаконного претендента, не допустил приезда в Москву на выборы архиепископа Геннадия. Остальным, более покладистым, «выкрутили руки», понудив «выбрать уже выбранного», — Зосима поселился на митрополичьем дворе, прежде чем состоялось его утверждение на митрополичьей кафедре, в чем явно проявилась княжеская воля.
