После недолгого, но тяжелого разговора в Североморске с Чабаненко Главнокомандующий ВМФ вернулся в Полярный. Там Горшков возглавил работу государственной комиссии, начав ее с опроса всех адмиралов, офицеров, старшин и матросов, имевших отношение к трагедии.
Знакомясь с материалами работы государственной комиссии по расследованию катастрофы Б-37, я смог еще раз убедиться в высочайшем профессионализме Сергея Георгиевича Горшкова. Не являясь подводником, он мгновенно схватывал суть проблемы и искал ее конкретные решения. Если в материалах государственных комиссий по другим катастрофам отечественного флота, которые возглавляли сухопутные маршалы, как правило, давались лишь общие рекомендации по недопущению повторения подобных происшествий, то Горшков работал совсем на ином уровне. Каждого офицера и матроса он дотошно расспрашивал о самых мелких деталях трагедии, интересовался их мнением по разным сопутствующим вопросам, пока не уяснял для себя вопроса полностью. После чего сразу же, не откладывая в долгий ящик, давал конкретные указания по улучшению тех или иных вопросов службы на лодках, изменению всевозможных инструкций по хранению и эксплуатации оружия и техники.
Параллельно с работой государственной комиссии начала работу и комиссия КГБ. Чекистов интересовал вопрос возможной диверсии. Но так как вскоре стало ясно, что ни о какой диверсии в данном случае речи нет, они свою работу свернули. Из воспоминаний капитана 1-го ранга в отставке О.К. Абрамова: «Потом было много разговоров о силе и количестве взрывов. Одни уверяли, что взрыв был один, другие, что два, третьи – несколько… Вот, собственно, и три версии: пожар от самовозгорания патронов регенерации, небрежность личного состава и диверсия. Естественно, каждую версию заинтересованные организации считали невозможной и тщательно отметали. Не первый раз!» Остается сожалеть, что мы так и не научились на своих ошибках учить следующие поколения. Может, это одна из главных причин «повторения пройденного»?»
Первоначально члены комиссии предположили, что могла взорваться гремучая смесь во 2-м аккумуляторном отсеке. При этом вспомнили трагический случай двадцатилетней давности на Щ-402. Во время боевого похода в 1942 году на Щ-402 в конце зарядки аккумуляторной батареи произошел взрыв гремучей смеси из-за нарушения режима вентилирования. В результате взрыва все, находившиеся в аккумуляторном отсеке, мгновенно погибли, были разрушены большинство аккумуляторных баков, часть оборудования 2-го и 3-го отсеков. Подводная лодка была спасена лишь быстрой герметизацией аварийных отсеков. Разумеется, что после таких повреждений никаких боевых задач «щука» выполнять более не могла и вынуждена была вернуться в базу для ремонта. При этом командир смог привести Щ-402 в Полярный своим ходом. Взрыв гремучей смеси на североморской «щуке» был не единственным. Взрывалась гремучая смесь в аккумуляторах на подводных лодках Балтийского, Черноморского и Тихоокеанского флотов, но всегда результат был один и тот же – люди в отсеке погибали, но прочные корпуса всегда оказывались целыми и лодки оставались на плаву.
