В 17 лет Коменский поступает в латинскую школу города Пшерова, которую заканчивает с отличием. Время, проведенное в этой школе, насквозь пропитанной схоластически-догматическим духом, он во многом считал потерянным для себя. Наверное, уже тогда, видя полную непригодность существовавшей системы обучения и воспитания, Коменский вынашивает мысли о собственной педагогической системе.
После латинской школы Коменский прошел обучение в одной из школ секты «Чешские братья», готовившей своих учеников в проповедники. Как самый способный, юноша был отправлен общиной в Германию для получения высшего образования.
Так, в 19 лет он становится студентом богословского факультета Герборнского университета. Годы, проведенные в этом учебном заведении (1611–1613), сыграли огромную роль в идейном развитии Коменского. Большое влияние оказали на него профессора Альстред и Пискатор, которые были последователями взглядов хилиазма (мистической веры в тысячелетнее Царствие Христа на земле, в течение которого будут утверждены равенство всех и счастье каждого, идеальное благоденствие и добро). В частности, Альстред полагал, что изучение природы должно служить на благо человека и происходить с помощью наблюдения и опытов. Совокупность многих опытов ведет, по Альстреду, к индукции (умозаключению, идущему от фактов к общему утверждению), которая является «матерью науки».
В университетские годы Я.А. Коменский не только старательно изучает труды Платона, Аристотеля, Цицерона и других великих античных философов, но и сам задается вопросами об источниках и путях познания. Так появляются его работы «Спорные вопросы, собранные в саду философии», «Берет ли всякое познание исток из ощущения» и другие, в которых молодой ученый высказывает мысль о том, что мир познаваем и что «начало познания, безусловно, всегда исходит из чувства».
Окончив Герборнский университет, Я.А. Коменский отправляется в путешествие по Европе и добирается до Амстердама. После этого путешествия его зачисляют в знаменитый Гейдельбергский университет. Однако болезнь вынуждает его оставить университет. Чтобы поправить здоровье, он идет пешком в Прагу, а оттуда в родную Моравию. Там в 1614 г. в возрасте 22 лет его назначают руководителем Пшеровской братской школы, в которой он некогда учился и в которой получил среднее образование. Назначение руководителем братской школы открывает новый период в жизни Я.А. Коменского. Увлеченный работой в качестве педагога-практика, он пишет «
