Кеплер был очень религиозен. При этом его религиозность и склонность к научному познанию были так тесно переплетены, что первая становилась опорой для второй. Кеплер считал, что Бог создал мир геометрически совершенным. А поскольку человек создан по образу и подобию Божьему, значит, он способен познать мир и донести до других людей геометрическую красоту божественного творения.
Религиозностью ученого во многом можно объяснить и его извилистый научный путь, и частые переезды в поисках безопасного места для работы (противостояние католиков и протестантов в годы жизни Кеплера проходило самую острую стадию и особенно кровопролитным было на севере Германии, где родился ученый, а также в Австрии и Богемии, где он провел большую часть своей жизни). Кеплер из-за своей приверженности к свободной интерпретации Библии был отвергнут даже братьями по вере.
С другой стороны, католики и особенно иезуиты были бы рады увидеть в своих рядах столь уважаемого ученого, но Кеплер не воспользовался этой возможностью. Он покинул Грац ради Праги, Прагу – ради Линца, Линц – ради Сагана. Мыслитель переезжал с места на место в поиске мира и покоя, но религиозные конфликты словно преследовали его. Если бы Кеплер отрекся от своих убеждений, он мог бы наконец обрести дом или вернуться на родину, в университет Тюбингена, но его принципиальность делала этот шаг невозможным.
Модель мира Коперника была отвергнута как Лютером, так и папой, однако Кеплер сразу же воспринял ее и защищал всю свою жизнь. Из-за этого его книги вошли в список запрещенных, но, как совершенно справедливо заметил один из друзей астронома, именно такую литературу читали больше всего.
Впрочем, несогласие с церковью осложняло жизнь многим. Коперник, спасаясь от гонений, заявил, что предложенная им идея о движении Земли является всего лишь математической уловкой для облегчения расчетов (Кеплер по этому поводу отметил, что после прочтения книги польского астронома ни один здравомыслящий человек не сможет принять постулат о неподвижности Земли). Галилею, чтобы сохранить жизнь, пришлось отказаться от своих идей и провести последние годы под неусыпным надзором инквизиции, под домашним арестом. Джордано Бруно был заживо сожжен. Кеплером восхищались кальвинисты и лютеране, католики и иезуиты, но это не мешало отцам церкви выживать ученого отовсюду, где он пытался обосноваться.
Тетя Кеплера, которая и занималась его воспитанием, была объявлена ведьмой и сожжена. Его мать также была обвинена в колдовстве и связях с дьяволом и посажена в тюрьму. Астроном выступил адвокатом на процессе, используя весь свой ум и авторитет, однако рассмотрение дела растянулось на долгие годы. Ученому удалось добиться освобождения матери, однако выйдя из тюрьмы, она не прожила и нескольких месяцев.
