На одном из заседаний съезда 19 сентября 1861 года русский химик А. М. Бутлеров выступил с докладом «О химическом» строении веществ». Кекуле весьма скептически отнесся к новым, структурным формулам, которые, по мнению Бутлерова, выражали не только расположение атомов в молекуле, но и показывали, каково их взаимное влияние. Разочаровавшись в теории типов, Кекуле не принимал и новую теорию Бутлерова. «А ведь и эта теория может оказаться бесплодной, — размышлял ученый. — Может быть, лучше вернуться к старым эмпирическим формулам? Нет, только после того, как все окончательно станет ясным, а главное, накопится достаточно фактов, подтверждающих одну истинную теорию, тогда, возможно, я приму ее…»
Вернувшись в Гент, он продолжил исследование фумаровой и малеиновой кислот. Не было сомнения, что эти кислоты — изомерные соединения. Но как объяснить их изомерию? Опытами было установлено, что молекула фумаровой кислоты присоединяет два атома водорода, в результате чего превращается в молекулу янтарной кислоты. Подобное свойство имеет и этилен: он превращается в этан в результате присоединения двух атомов водорода. Такое свойство кислот до сих пор известно не было. Объяснить это явление с точки зрения теории типов невозможно. Немало бессонных ночей провел ученый, пытаясь найти объяснение, но все усилия пока оказались тщетными. И Кекуле упорно продолжал ставить опыты и изучать свойства других кислот, набирать все больше и больше фактического материала.
Разрядкой огромного душевного напряжения явилась долгожданная свадьба, которая состоялась летом 1862 года. Сколько радости и счастья принесла ему Стефания! Силы его будто удвоились — вернувшись из свадебного путешествия, он работал с еще большим энтузиазмом: проводил опыты с ненасыщенными кислотами, заканчивал рукопись учебника. Но этот счастливый период оказался недолгим: грядущее материнство Стефании принесло тревогу за ее здоровье. Кекуле был очень обеспокоен состоянием жены, которое с каждым днем внушало все-больше опасения. И самые худшие опасения подтвердились — рождение сына стоило жизни матери. Кекуле был безутешен в горе.
Хоть какое-то успокоение могла дать только работа, и он буквально заточил себя в лаборатории.
Ненасыщенными кислотами теперь занимался его ассистент Шварц, а сам Кекуле принялся за изучение структуры бензола и его производных, требовавшее, прежде всего, отыскания подходящих средств для изложения учебного материала в разделе ароматических соединений. Он хорошо знал книгу Лошмидта
