К середине 1920-х годов сепаратизм научных учреждений явно стал для властей раздражающим фактором. На примере ГИИИ можно проследить, как осуществлялось давление на научные институции и каким образом до поры до времени удавалось избежать прямого государственно-партийного руководства ими.
Первое ожесточенное и целенаправленное наступление на Институт было предпринято в последний год зубовского правления, когда РИИИ подвергся многократным обследованиям, инспекциям и ревизиям, с помощью которых осуществлялся контроль за наукой[17]. Отметим, что выводы о научной работе, сделанные комиссией от Петроградского управления научными учреждениями под предводительством академика Н. Я. Марра (конец 1923 года)[18], касались пока исключительно организационных моментов. Высоко оценивая потенциал научных исследований Института, Комиссия все же ставила на вид: а) несогласованность работы всех отделов, б) дублирование некоторыми подразделениями работы смежных институтов, а также в) излишнюю «музеефикацию», т. е. игнорирование изучения современного искусства[19].
Бумажные отписки с рапортом об устранении отмеченных недостатков (обычная тактика Зубова для сохранения status quo) оказались недостаточными, и директору пришлось предпринять кое-какие шаги по реорганизации структуры Института, что нашло отражение в отчетах и планах 1924 года. Здесь, акцентируя внимание на выполнении поставленных комиссией задач, Зубов предлагал «пересмотр внутриразрядной конструкции» и «образование Междуразрядного Комитета по вопросам общего искусствознания и эстетики» в целях «спайки» отделений и выработки единой теории «в четырех его областях: изобразительных искусств, музыки, театра и словесных искусств». Для изучения современного искусства Зубов планировал создать особые подразделения в каждом отделе Института[20]. Заметим, кстати, что, названное в отчете «коренным», это «реформирование» кардинально не изменило жизнедеятельности Института, а главное, не потребовало пересмотра кадров и принципов управления.
Однако зубовские реформы явно не удовлетворили руководство, и в сентябре 1924 года в Институте работала уже куда менее доброжелательная комиссия от ЛОГа (Ленинградского отделения Главнауки). Ее требования отражали не только субъективную неприязнь к директору (как полагал Зубов и позже писал об этом в мемуарах), но и некую общую идеологическую тенденцию. Вероятно, с деятельностью этой Комиссии академик Федор Иванович Шмит (сменивший вскоре Зубова на посту директора Института) связывал первую попытку ликвидации Института, когда в письме в Комиссию по чистке от 10 июля 1930 года таким образом излагал историю Института: «С Зубовским Институтом надо было покончить. Такое именно решение и было принято в начале зимы 1924/25 г. на съезде директоров учреждений Главнауки. Вопрос был только в том, как это сделать. Можно было <…> разогнать весь институт или раскассировать. Кажется таково и было предложение особой Комиссии <…> Тем не менее Главнаука (Ф. Н. Петров) рассудила иначе»
