По переписке с вышестоящими инстанциями, сохранившейся в фонде Института, можно проследить, как в период правления Зубова, благодаря его связям и многочисленным уловкам, с помощью затягивания, откладывания и формальных отписок, а в крайних случаях — апелляций к вышестоящим инстанциям, ему удавалось спасать Институт от нелепых постановлений ретивых партийных чиновников и до конца своего директорства сохранить прежний состав администрации, руководителей отделов, научных и технических сотрудников и прежнюю систему управления.
Институт являл собой достаточно сложный конгломерат, состоявший из четырех самостоятельных научно-учебных учреждений. Каждое отделение имело свои подразделения (секции, комитеты, кабинеты, комиссии, общества, лаборатории), занималось своими разработками, базировалось на своем материале, объединяя специалистов различной ориентации. Наибольшую известность приобрело Словесное отделение, ядро которого составляли замечательные филологи, представители так называемой «формальной школы». Но близкий «спецификаторский» подход к произведениям искусства и новаторский пафос исследований был присущ Институту в целом. Использование новых научных методов искусствознания (в том числе и экспериментаторских), выработка своего научного языка для описания конкретных художественных произведений, вовлечение в сферу изучения новых, до сих пор не исследовавшихся явлений искусства — все это было характерно и для работы других его отделов и подразделений.
Административное и хозяйственное руководство было в руках Зубова. Но организацию научной работы осуществляли Президиум и Ученый совет, в состав которых входили руководители факультетов[15] и наиболее опытные и авторитетные научные сотрудники. По-прежнему выдвижение на научные и руководящие должности осуществлялось силами самого Института (того или иного подразделения), а избрание утверждалось Президиумом. До поры до времени коллегии Главнауки и ГУСа при Наркомпросе не вмешивались в этот процесс и лишь формально подтверждали все институтские выдвижения, назначения и начинания. Благодаря удачно сложившимся обстоятельствам, Институту почти до самого конца удалось сохранить и внутреннее единство учебного и научно-исследовательского процессов, которое было характерно для дореволюционных университетов, а также избежать классового отбора студентов и аспирантов на протяжении почти всех лет существования Курсов[16].
