В 1881 году Савва поступил на естественное отделение физико-математического факультета Московского императорского университета, который закончил в 1887 году с дипломом химика. В 1885–1887 годах изучал химию в Кембриджском университете, одновременно знакомился с организацией текстильного дела на английских фабриках в Манчестере.
В 1887 году, после морозовской стачки и болезни отца, вынужден был вернуться в Россию и принять управление делами. Было Савве тогда 25 лет. Характер у него был отцовский: решения принимал быстро и навсегда. Сам о себе говорил: «Если кто станет на моей дороге, перейду и не сморгну».
В начале 1880-х годов 1,6 % паев семейного предприятия Товарищества Никольской мануфактуры «Саввы Морозова сын и К°» принадлежали пятерым детям хозяев – Тимофея Савича и Марии Федоровны. Среди них был и Савва-младший. Но с 1886 года он входит в состав дирекции Никольской мануфактуры «Саввы Морозова сын и К°». Главным и основным пайщиком мануфактуры была мать Саввы Мария Федоровна: ей принадлежало 90 % паев. В делах производственных Савва не мог не зависеть от матери. По сути он был совладельцем-управляющим, а не полноправным хозяином.
Когда Савва стал одним из директоров мануфактуры, оборудование на фабрике было уже устаревшее, не хватало топлива, да еще разразился кризис, усилилась конкуренция. Надо было все дело на ходу перестраивать. Он выписал из Англии новейшее оборудование. Отец был категорически против – дорого, но Савва переломил отставшего от жизни Тимофея. Старику претили нововведения сына, но в конце концов он сдался: на мануфактуре были отменены штрафы, изменены расценки, построены новые бараки.
После смерти отца мать стала директором-распорядителем Товарищества, а Савва Морозов – по образованию инженер-химик, проучившийся в Англии, – возглавил производство, ведал вопросами оборудования и качества продукции. Мария Федоровна сердилась, когда Савва распоряжался сначала по-своему, как считал нужным, и лишь затем подходил: «Вот, мол, маменька, разрешите доложить…» Но сыном не гордиться она не могла. Он был прекрасным хозяином. Дела в Товариществе пошли блестяще. Никольская мануфактура занимала третье место в России по рентабельности. Морозовские изделия вытесняли английские ткани даже в Персии и Китае. В конце 1890-х годов на фабриках было занято 13,5 тысяч человек, здесь ежегодно производилось около 440 тысяч пудов пряжи, почти два миллиона метров ткани.
