При этом она стала одной из самых ярких российских женщин – представителей купечества, была известна своим влиянием в обществе.
Мария Федоровна в 1872 году добавила к своему наследству имущество: после смерти родителей, сестры Надежды и после смерти в 1872 году своего единственного брата Алексея, купца 2-й гильдии, она получила в наследство все состояние семьи. Таким образом, при утверждении Устава фирмы Морозовых в 1873 году Мария на равных была включена мужем в число учредителей. При акционировании основной капитал в 5 млн рублей был разделен на 5000 паев по 1000 рублей. Согласно уставу, паи не должны были выходить за пределы семьи. В начале 1880-х годов Тимофею принадлежали 3462 пая, Марии – 1095 паев. В результате муж и жена владели 91 % паев фирмы, еще 1,6 % принадлежали их детям, а остальные 7,4 % – деловому партнеру (поставщику английского ткацкого оборудования), руководящим служащим фирмы – бухгалтеру, инженерам.
Через несколько дней после смерти Тимофея Саввича в 1889 году правление Товарищества Никольской мануфактуры пригласило Марию Федоровну исполнять обязанности директора-распорядителя. Современники считали ее женщиной «большого ума», властной, с совершенно самостоятельными взглядами. Будучи руководителем такого огромного и прибыльного предприятия, Мария Федоровна сумела его значительно расширить.
Став непосредственным директором-распорядителем Товарищества Никольской мануфактуры, она провела реформу системы управления, заменив принцип единоличного руководства на коллегиальный с четким распределением обязанностей между директорами компании. Их было 4: оба сына Марии Федоровны, зять А.А. Назаров и бухгалтер И.А. Колесников. Свое жалованье при этом Мария Федоровна поделила поровну между директорами. Она умела при этом так подбирать руководящий персонал, что компания, несмотря на смены конкретных людей, долгие годы работала слаженно.
Сын Савва Морозов – по образованию инженер-химик, учившийся в Англии – возглавил производство, ведал вопросами оборудования и качества продукции. 29-летний старший сын Сергей Морозов (по образованию юрист), числился директором формально, увлеченно занимаясь меценатской деятельностью. Третий директор, зять Морозовых Назаров, ведал поставками сырья, расчетами с иностранными партнерами (хлопок закупался на Ливерпульской бирже), а также главной Московской конторой. Четвертый директор Колесников отвечал за торговлю и документооборот. Ему Мария Федоровна безгранично доверяла.
