Всем Медина-Сидония был хорош: и знатностью, и богатством, и скромностью, и добрым характером, всем, кроме одного — он не был не то что флотоводцем, он не был даже моряком… Более всего на свете герцог мечтал о должности главного придворного мажордома.
Узнав о решении монарха, Медина-Сидония, разумеется, не пришел в восторг, прекрасно понимая, что неспособен справиться с возлагаемой на него задачей. Дело в том, что помимо множества должностей Медина-Сидония являлся и генерал-капитаном Андалузского побережья. Именно он должен был защищать Кадис от нападения Дрейка, но прибыл туда, когда все уже было кончено, наглядно продемонстрировав всем свою неспособность к военному руководству.
В отчаянии герцог пишет письмо своему королю: "Было бы несправедливым принять столь высокое назначение человеку, не имеющему никакого опыта морских сражений и ведения войн… Нижайше припадаю к стопам Вашего Величества и прошу освободить меня от высокой чести, коей недостоин, ибо не наделен ни должным знанием, ни здоровьем для мореплавания, ни деньгами для экипировки…"
Но поздно, король уже подписал официальный указ. Любопытно, что если у испанских военачальников решение короля вызвало полное непонимание, то солдаты и матросы были довольны.
— Теперь у нас начальником милостивый и, главное, богатый человек. Бог даст, платить будут теперь более регулярно! — говорили они.
Впрочем, помимо герцога на флоте имелось несколько действительно хороших моряков. Так, младшим флагманом Армады являлся лучший после Санта-Круса испанский флотоводец генерал-капитан Бискайской эскадры Хуан Мартинес де Рекальде. Он много лет отслужил в Вест-Индии, командовал "Золотыми флотами" и был правой рукой Санта-Круса, а храбрость и отвага снискали ему у подчиненных прозвище Львиное Сердце.
Обязанности начальника штаба исполнял не менее известный Диего Флорес де Вальдес, за плечами которого были два десятилетия плаваний через Атлантику и репутация знатока навигации и судостроения.
Известный военно-морской историк Альфред Штенцель так оценивает корабельный состав и организацию Армады: "Главные силы флота были разделены на шесть эскадр, сообразно числу областей: Португалии (Медина-Сидония), Бискайи (Хуан Мартинес де Рекальде), Кастилии (Диего Флорес де Вальдес), Андалузии (Педро де Вальдес), Гвипуско (Мигель де Окендо) и Леванта (Мартин де Бертендона); в каждой эскадре было по 10–14 кораблей от 1250 до 166 тонн, с 52–12 орудиями на каждом и 500–110 членами экипажа: к эскадрам этим были добавлены еще несколько легких судов в качестве посыльных. В числе 75 военных кораблей было только 19, имевших менее 300 тонн, причем 56 имело 500 и более тони, а в их числе 7 имело от 1000 до 1250 тонн; это были самые большие корабли, которые вообще существовали в те времена. Медина-Сидония командоват португальской эскадрой на флагманском корабле "Сан-Мартин", лучшем корабле во всем мире; главным советником и ментором при нем состоял опытный в морском деле кастилец Диего Вальдес, по профессии судостроитель, человек недоверчивый и осторожный. Кроме того, во флоте состояли:
