В тяжелые годы, последовавшие за собором 536 года, когда вся империя потрясена была гонением на монофизитов, монастырь св. Сергия — под этим именем известен был в стране приют монофизитов — избежал, благодаря покровительству императрицы, наказания и разрушения. Конечно монахи жили в нем отчасти в почетном плену. Для того, чтобы показываться в городе и вне его, они должны были испрашивать на то особенное разрешение правительства — тем не менее монастырь процветал, пока была в живых Феодора. И даже после ее смерти, в память о ней, Юстиниан продолжал покровительствовать монахам.
В то же время у ворот столицы, под покровительством Феодоры, приютилась другая монофизитская община на восточном берегу Золотого Рога. Этот сирийский монастырь выстроен был на земле, пожертвованной Феодорой Зоорасу, и множество монофизитов жили в нем в мире и молитве. Благочестивый Марас разбил рядом с монастырем монофизитское кладбище, и многие выдающиеся представители его партии были похоронены на этой священной земле. Монастырь, превратившийся таким образом в монофизитскую святыню, процветал. Стоявший во главе его монах Иоанн из Месопотамии пользовался большим расположением императрицы и даже императора, который прощал ему его ересь за ревностное миссионерство в языческих странах. В этом надежном убежище собрались мало-помалу все выдающиеся монофизитские деятели и монастырь превратился в центр кипучей деятельности и ревностной пропаганды.
Таким образом, несмотря на указы, на строгие законы, на страшные гонения, Феодора поддерживала и спасала своих друзей. Она всюду основывала убежища для монофизитов. На острове Хиосе она выстроила рядом с могилой св. мученика Исидора приют для низложенных монофизитских епископов и изгнанных монахов, в Деркасе на Понте Евксинском, куда она должна была отпустить в изгнание во время переворота 536 года сначала монаха Зоораса, потом патриарха Феодосия, она старалась всеми силами смягчить для своих друзей печальное их пленение. Не довольствуясь щедрыми дарами, которыми она их осыпала, она давала возможность массе монофизитов посещать их, стремясь найти у них утешения в горе и бедствии. В особенности хлопотала она о том, чтобы подготовить почву для возвращения их в столицу, стараясь объединить вокруг себя главные силы партии.
Тогда как восточные народности, несмотря на воздвигнутые против них гонения, продолжали всеми средствами отстаивать свою веру, вожди монофизитов, проницательные и деятельные, скоро пришли к убеждению, что только от дворца могут они ожидать восстановления своей церкви, что все их усилия должны быть направлены к тому, чтобы склонить императора на свою сторону, не дать ослабеть спасительному рвению императрицы. Это были хорошие дипломаты. Замыкаясь временами в осторожном ожидании, свято исполняя с виду распоряжения правительства, оставляя на время деятельную пропаганду, избегая проповедей, крещения детей и посвящения епископов и священников — они возлагали все свои надежды на время… и на Феодору. Однако их бездеятельность не нравилась ярым их приверженцам. Среди монофизитов было много фанатиков и они доставляли массу хлопот императрице.
