Якир занялся формированием крепких красных частей. Была создана Южная завеса против немцев и белоказаков, в сентябре 1918 года преобразованная в Южный фронт. Якир был назначен начальником Политуправления фронта, а затем членом Реввоенсовета 8-й армии.
В ноябре 1918 года на Южном фронте начались упорные бои с белоказачьими войсками генерала Краснова. Части 8-й армии сражались в районе Лиски — Коротояк — Острогожск. Иона Эммануилович все время находился в 12-й дивизии — этому соединению приходилось сдерживать наиболее ожесточенный натиск красновцев.
Особенно обострилось положение в середине декабря: белоказакам удалось прорвать фронт и выйти к Коротояку. Разрозненные полки дивизии отходили в беспорядке, среди части бойцов поднялась паника. Якир немедленно бросился в район Коротояка и самым решительным образом стал наводить порядок. На специальном паровозе член Реввоенсовета помчался в Острогожск, где стоял анархистский отряд Сахарова. Якир сумел установить дисциплину в отряде и присоединить его к частям 12-й дивизии.
За три дня Иона Эммануилович собрал растрепанные остатки полков в крепкий кулак и организовал контрнаступление. На фронте произошел перелом — красные части решительно отбросили противника, освободили Коротояк и Лиски.
Как рассказать об этих стремительных днях, огненным вихрем сверкнувших даже в те грозные времена? Пожалуй, наиболее ярко говорится о них в документе, подписанном начальником 12-й дивизии Любимовым и военкомом Чуевым. Как раз в то время был утвержден статут высшей награды молодой Советской республики — орден Красного Знамени. Реввоенсовет 12-й дивизии за выдающийся подвиг представил Якира к ордену.
Вот они, эти лаконичные и вместе с тем столь емкие строки:
«…Благодаря только настойчивости, крайнему напряжению всех сил 12-я дивизия одолела казаков Краснова, захватила Лиски и вышла на линию Икорцев. Дивизия обязана своим успехом главным образом энергии и деятельности члена РВС 8-й армии т. Якира. Он проявил неутомимую деятельность, железную волю и энергию. Не смущаясь ни временными неудачами, ни случайными поражениями, твердо веря в счастливый исход операции, т. Якир вел железной рукой подчиненных ему красноармейцев к победе. Непрерывный тяжелый труд в течение трех недель надломил его израненный организм, но, уже будучи больным, он продолжал руководить операциями, и, собирая последние остатки сил, еле вставая с постели, т. Якир в грозные минуты, когда колебались полки, сам встал в ряды их на поле сражения. Когда в минуту смятения полки отошли к Коротояку, т. Якир лично их устроил и, дав отдохнуть, повел в контрнаступление, взяв Коротояк, на плечах отступающих казаков ворвался в Лиски и нанес им поражение. У Коротояка, уговаривая отступающих в панике красноармейцев, т. Якир был смят нерассуждавшей массой и чуть не расстрелян. Все эти неудачи не сломили железную волю т. Якира, и РВС дивизии свидетельствует, что достигнутый успех в овладении военно-стратегическим узлом Лиски и выход наших полков на линию Икорцев всецело должен быть приписан боевой деятельности т. Якира…»
