Но и после случалось лихо. Действуя как всегда смело и решительно, первый «охотник» Российского флота быстро нажил себе врагов. С особой неприязнью относился к нему вице-адмирал Сиверс, которого Зотов изобличил в преднамеренном раздутии береговых штатов и урезании корабельных. Петр наказал вора, но Сивере с тех пор затаил злобу на дотошливого контроллера.
Отныне за каждым его шагом следили денно и нощно, каждое его слово и поступок тут же доносились императору. Скоро, очень скоро понял Конон, что клеветников предостаточно. А когда в одиночку стало бороться невмоготу, написал письмо Петру: «… Научи, как жить, если дать о себе отповедь, то вздором называют, а если смирно себя вести, то озлоблениями и обидами несносными… находят». Одновременно он попросился на корабли: «… А я лучше на Балтии хочу умереть, нежели от кнута и дыбы… да мимо идет чаша сия моя».
И снова Петр поддержал своего «охотника». – Мой Зотов по своей учености да к службе радению, почитай, целой эскадры стоит! – объявил он.
Но на корабли не отправил, а оставил на прежней должности. Честные люди были в цене во все времена!
Из биографии героя: «В те годы мало кто из имевших доступ к казённому имуществу не крал. Зная Конона Никитича как прямого и честного человека, непримиримого к недостаткам, царь 21 марта 1721 года назначил его контролером при Адмиралтейств-коллегии, чтобы „показать силу той должности“ его будущим преемникам. Видимо, Пётр 1 понимал, что человек характера Зотова долго не продержится на должности, которая предполагала столкновения с адмиралтейскими чинами. Конон Зотов вновь проявил строптивость. Узнав о пытках за ревность к службе Квашнина-Самарина, он потребовал отставки и заявил, что предпочитает погибнуть в бою, чем в застенке. Отставку моряк не получил и служил контролёром, неоднократно имел столкновения с чиновниками. Одновременно он разрабатывал важные документы по флотской администрации».
В 1722 году Конон Зотов дописал первую в русском флоте книгу морских сигналов, которая легла в основу всех последующих сводов. Одновременно он трудился над созданием партикулярного (коммерческого) Морского устава, горячо одобренного Петром.
Не успел первый волонтер отложить в сторону рукопись партикулярного устава, как тут же взялся за работу над учебником для российских мореходов с длинным по тем временам названием: «Разговор у Адмирала с Капитаном о команде. Или полное учение како управлять кораблем во всякие разные случаи. Начинающим в научение, отчасти знающим в доучение, а не твердо памятным в подтверждение. Учинил от флота капитан Конон Зотов». Книга рассматривала вопросы управления кораблем в море, съемки с якоря, постановки парусов и другие. «Разговор…» был написан в форме диалога между адмиралом и капитаном, причем обсуждение серьезных вещей Зотов совмещал с юмором и соленой флотской шуткой. Так, на вопрос адмирала о том, как узнать, хорош ли корабль на ходу, капитан отвечает: «… Когда корабль на прытком ходу своим трясет задом, то значит, что пропорция в его строении есть добрая».
