Едва отгремели праздничные фейерверки, как Зотова ждало новое назначение. В марте 1720 года он становится главным контролером Адмиралтейств-коллегий. Должность эта предполагала контроль за соблюдением законности в коллегии и выявление всех дел, идущих во вред государству. Днем Конон, не жалея сил, трудился в конторах, ночами же с не меньшим воодушевлением выполнял новый приказ Петра – готовил первый российский Морской устав. Писанное им редактировал лично царь, он же написал и свое знаменитое предисловие к доброхотному читателю. Первый Морской устав действовал на Руси без особых изменений вплоть до эпохи парового флота… Вопиющее беззаконие и воровство в Адмиралтейств-коллегий вынудили Конона обратиться к царю с докладной запиской о чинимых безобразиях. Одновременно требовал он внимания к своей должности и грамотных помощников. Записка обошлась Конону Зотову дорого. Через день после написания он был взят под стражу, якобы за клевету. Но через несколько дней, разобравшись во всем, Петр I освободил Конона и оставил в прежней должности.
Самое поразительное, что во главе недругов Конона стала его мачеха. Как мы знаем, Конон с самого начала был против шутовской женитьбы своего спивающегося отца. На этой почве сразу же обострились отношения между пасынком и мачехой Анной Еремеевной Зотовой (в девичестве Пашковой). После смерти Матвея Зотова в 1720 году противостояние пасынка и мачехи за родовое имение Зотовых Лыткарино достигло своего апогея. Именно тогда из-за интриг Анны Еремеевны и графа Матвеева, к которым с радостью присоединились многочисленные флотские недруги главного контролеры, Конон Никитич и был заключен под стражу. К счастью ненадолго. Немаловажную роль во всем этом играл пресловутый вопрос наследства. Но, получив свою часть большого поместья в селе Лыткарино, Анна Еремеевна ее уже не выпускала. Не имея детей (прямых наследников), она все же умудрилась выиграть судебный процесс и завещать зотовское имение своему внучатому племяннику (не имеющего никакого отношения к Зотовым), тогда как родной сын Матвея Зотова этот процесс проиграл.
Из биографии героя: «В 1720 году моряка арестовали и препроводили в Юстиц-коллегию за „дерзкое непристойное доношение“. Сам Конон Никитич объяснял арест кознями мачехи. Шестью годами ранее Никита Моисеевич женился на вдове капитана Стремоухова, и Пётр 1 задумал сделать из бракосочетания комедийное действо. К. Зотов просил царя избавить семейство от позора, но не преуспел. Свадьба запомнилась весельем и непристойностью. После смерти Никиты Зотова завязалось дело о его наследстве. Видимо, из-за этого Зотова и оговорили. Но вскоре он оказался на свободе и выполнял новое ответственное поручение».
