30 апреля, стремясь защитить Минорку, Сент-Винсент направился туда с шестнадцатью линкорами. В это время, воспользовавшись отсутствием у Кадиса англичан, оттуда вышел испанский флот вице-адмирала Лакроссе и, войдя в Средиземное море, подошел к Картахене. Но в пути испанский флот попал в сильный шторм и до Картахены добрался в небоеспособном состоянии. Что же касается лорда Сент-Винсента, то он допустил непростительную ошибку. Вместо того чтобы поджидать французов между Картахеной и Тулоном, что гарантировало их уничтожение до соединения, он отправил часть эскадры в Палермо, опасаясь, как бы французы не напали на корабли Нельсона. После этого лорд Сент-Винсент окончательно занемог, передал дела вице-адмиралу Кейту и отбыл в Англию.
16 мая французский флот в составе двадцати двух линейных кораблей и большого количества малых судов покинул Тулон.
Именно это обстоятельство помешало Нельсону отправиться на покорение Неаполя.
Что касается нового главнокомандующего английским флотом на Средиземном море, то он действовал, столь же неудачно, как и его предшественник. Вместо того чтобы надежно блокировать испанцев в Картахене и дать бой французам, вице-адмирал Кейт не торопясь направился к Тулону. Когда же он туда подошел, французский флот уже покинул порт.
В этом походе Нельсону явно не повезло. Прикинув все «за» и «против», он решает, что франко-испанский флот будет прорываться в Египет, а потому занимает указанную ему позицию западнее Сицилии, перекрыв самый узкий проход из западной части моря в восточную и разослав дозорные фрегаты. Несколько судов Нельсон отправил на поиски эскадры Ушакова, чтобы объединить союзные силы, но те ее не нашли.
К большому неудовольствию Нельсона, старшим адмиралом на Средиземном море Сент-Винсентом был определен не он, а вице-адмирал Кейт, и в случае обнаружения противника Нельсону следовало поступать в его подчинение.
Отправившись во главе эскадры в район острова Маритимо, Нельсон две недели безрезультатно ждет французов. Почти каждый день специальные почтовые пакетботы доставляют ему послания от возлюбленной. Из письма Эммы Гамильтон от 12 июня 1799 года: «Любезный лорд! Я провела вечер у королевы. Она очень несчастна! Она говорит, что народ неаполитанский вполне предан королю, однако только одна эскадра Нельсона может восстановить в Неаполе спокойствие и покорность законной власти. Вследствие того королева просит, умоляет, заклинает Вас, любезный лорд, если только возможно, отправиться в Неаполь. Ради бога, подумайте об этом и сделайте то, что просит королева Если Вы позволите, мы отправимся вместе с Вами. Сэр Уильям нездоров, я также чувствую себя дурно: это путешествие будет нам полезно. Да благословит Вас Бог!»
