Ордену и епископскому войску пришлось бороться не только с местным населением — ливами и латгалами, но и с полоцким князем, который контролировал земли этих племён и собирал с них дань. Поскольку епископ и орден вывели из-под власти князя его данников, а сами обложили население более обременительными податями и стали насильно обращать его в христианство, полоцкий князь и местные племена стали естественными союзниками против немцев. Полоцкий князь со своим войском неоднократно предпринимал осаду немецких крепостей. В борьбе с крестоносцами особенно отличился зависимый от Полоцка кокнесский князь Вячко.
Сопротивление немцам оказывали и литовцы, хотя их земли ещё не были затронуты вторжением крестоносцев. Одновременно они продолжали осуществлять набеги на Полоцкое княжество и других соседей.
В конце 1206 г. ливы были покорены. В апреле 1207 г. епископ Альберт прибыл ко двору короля Филиппа и объявил ему о завоевании Ливонии для Священной Римской империи немецкой нации. Ливонию Альберт получил от короля обратно в виде лена и стал таким образом имперским князем. В 1208 г. князь Вячко сжёг свой замок и ушёл с дружиной на Русь, чтобы оттуда продолжить борьбу с немецкими завоевателями.
I.6. Упорное сопротивление эстонских племён натиску крестоносцев. Становление военного союза с Новгородом и Псковом
После покорения ливов крестоносцы двинули свои силы на завоевание эстонских земель, но встретили неожиданно упорное сопротивление. Борьба шла с переменным успехом. Несмотря на более передовое вооружение и постоянный приток в орденские и епископские войска всё новых и новых пополнений из германских земель, немцы не смогли одержать быстрых и убедительных побед. Сила была на стороне немцев, но эстонцам, благодаря присущей им воле к сопротивлению, удавалось довольно долго сдерживать натиск агрессоров. Например, победой на реке Юмера над орденскими войсками (1210 г.) и шестидневной обороной крепости Вильянди, закончившейся перемирием (1211 г.), эстонцы до того напугали рижских купцов, что они не отважились предпринять весной свои обычные торговые поездки в Псков и Новгород через юго-восточную Эстонию. Предпринятая зимой 1216 г. попытка овладеть через замёрзшие проливы островом Сааремаа окончилась неудачей: немцы были разбиты сааремааским ополчением и обращены в бегство. При этом многие закованные в броню рыцари, вынужденные спасаться стремительным бегством, валились замертво от изнеможения.
