Под давлением общественности города Бендеры (Совета трудовых коллективов) и женского забастовочного комитета Костенко был назначен командиром батальона гвардии. После назначения на должность возомнил себя незаменимым и, имея «крышу» в лице службы безопасности и в руководстве Приднестровья, делал на территории г. Бендеры всё, что ему хотелось.
Вот что говорил по этому поводу председатель горисполкома В.В. Когут: «Не могу сказать, что исполком не знал о его преступлениях, просто отнеслись к нему конъюнктурно. Должен признать, что на комитете обороны я тоже отстаивал Костенко, хотя потом и говорил ему в глаза, что со временем суд еще разберется, что он натворил и чьи указания выполнял. Когда до меня стала доходить информация о его делах, я сообщил тем, кому положено было этим заниматься, но вскоре убедился, что все мои сообщения попадали и к Костенко».
29 апреля прокурор республики передает президенту И.Н. Смирнову информацию, в которой на двух с половиной листах подробно описываются все доказанные на тот момент преступления, совершенные Костенко, и просит принять меры к задержанию комбата.
Костенко прекрасно понимал, что рано или поздно придется отвечать за свои преступления и лучшим выходом из данной ситуации будет вооруженный инцидент, который бы спровоцировал вооруженное противостояние между враждующими сторонами. По одной из версий, именно люди Ю.А. Костенко спровоцировали 19 июня бойню в Бендерах.
То, что за ним стоял еще кто-то и этот «кто-то» был не из простых, не вызывает ни малейших сомнений. Слишком много ему позволялось и прощалось. Даже после того, как прокурор республики Б.А. Лучик вынес постановление об его аресте, местные власти не решились сами его арестовать, а обратились за помощью к А.И. Лебедю. Всегда удобнее разгребать жар чужими руками.
А.И. Лебедь назвал операцию по задержанию Ю.А. Костенко одной из самых неудачных операций в своей военной карьере. Казалось бы, все спланировали и предусмотрели до мельчайших подробностей. Но не был учтен один фактор, фактор предательства руководства Приднестровья. Костенко знал время проведения операции и покинул расположение батальона за несколько часов до ее начала. А ведь план по аресту Ю.А. Костенко обсуждался А.И. Лебедем с И.Н. Смирновым, Г.С. Маракуцей и Б.А. Лучиком.
По всей видимости, интересы Ю.А. Костенко и интересы руководства Приднестровья в чем-то совпадали. Костенко слишком много знал из того, что и как делало руководство ПМР для создания независимой республики.
