В марте-апреле 1868 г. в состав императорского флота входили “Мошин-мару” (“Moshun-maru”), “Хози-мару" (“Hozuimaru”), “Юхи-Мару” (“Yuhi-maru”), “Фудзияма” (“Fujiyama”), “Мусаси” (“Musatchi”) “Хирю” (“Hiriu”), а также отобранные у сёгуна (19 апреля вместе с несколькими транспортами переметнувшиеся обратно) “Квайо” (“Kwaio”), “Банрю" (“Banriu”), “Квайтен” (“Kwaiten”), “Чиодогата” (“Chiodogata”) и несколько других кораблей, в основном небольших пароходов, пригодных к охране портов, перевозке войск и грузов. В дополнение к имеющимся, императорское правительство купило за границей несколько пароходов, переоборудовав их в военные транспорты.
В начале 1869 г., когда в Токио приняли решение послать эскадру на о. Йеддо для помощи при взятии г. Хакодате (Hakodate), в состав правительственной эскадры вошли корабли: “Котецу” (“Kotezu” или “Kotetsu”, позднее переименованный в “Адзума” (“Adzuma”), броненосный таран купленный у США в 1867 г.), “Касуга” (“Kasuga”), “Тейбо” (“Teibo”), “Иошин” (“Yoshin”), “Чиойо-мару” (“Chioio-maru”), “Эйнен-мару” (“Einenmaru”) и четыре транспорта.
Броненосец “Котецу", стоявший на якоре, в тумане был атакован кораблём сторонников сёгуна “Квайтен", но сумел отбить атаку. В результате жарких многодневных боёв корабли императорского флота смогли либо уничтожить, либо пленить боевые суда противника.
К июню 1869 г. императорский флот состоял из 11 боевых кораблей: “Котецу”, “Мусаси”, “Фудзияма”, “Чиодогата”, “Чиойо”, “Иошин”, “Изуми” (“Izumi”), “Кавачи" (“Kawatchi”), “Сетци” (“Settsu”), “Шиокаку” (“Shiokaku”), “Канко” (“Kanko”) и 8 транспортов. Кроме этого, вассальные князья имели 35 кораблей и пароходов.
В июле 1869 г. правительство учредило министерство военных дел, ведавшее армией и флотом. Оно и занялось приведением в порядок морских учреждений, обследованием имеющихся кораблей и разработкой плана увеличения флота. Проверка наличного корабельного состава показала, что в большинстве боевые суда являются ветхими, малопригодными для службы, но требующими постоянных немалых расходов на ремонт и обслуживание. Военное министерство решило оставить у себя лишь три корабля: “Котецу", “Фудзияма”, “Чиодогата” и четыре транспорта, одним из которых был вновь купленный “Осака-мару” {“Osaka-maru”). Все остальные малопригодные плавсредства вернулись обратно к вассальным князьям. Одно из семи судов было переоборудовано в учебное.
В 1871 г. княжества в Японии ликвидировали и вместо них создали префектуры. В 1872 г. вместо прежних четырёх были учреждены три сословия: высшее дворянство (бывшие князья и аристократия), дворянство (бывшие самураи), простой народ (остальное население, включая буржуазию). Были приняты законы о равенстве всех сословий, свободе выбора профессий и передвижения по стране. В 1872-73 гг. в стране осуществили земельную реформу, законодательно закрепившую частную собственность на землю за теми, кому она фактически принадлежала к тому моменту. В июне 1873 г. был принят закон об отмене всех феодальных податей и повинностей и о введении ежегодного денежного налога в размере 3% от цены земли. Этот налог собирало центральное правительство. Единая власть в стране крепла и она неизбежно должна была обратить свой взор в сторону окружавшего японцев моря. Наверное, если бы в гражданской войне верх взял сёгун, он подобными мерами мог добиться единодержавия, а вместе с ним и экономического роста, чтобы продолжить строительство флота, начатое в 1860-е гг. Независимо от названия победителя, Япония стала бы развиваться сходными путями.
