Иоанн был принят в Москве с большим торжеством, очень ласково от будущего тестя и сына его; царицы и царевны, разумеется, он не видал. Царь поехал в половине октября к Троице и на возвратном пути узнал о болезни Иоанна: у принца сделалась горячка, от которой он 28 октября умер на двадцатом году жизни. Борис сильно горевал, Ксения была в отчаянии, а в народе шел слух, что принцу приключилась смерть с умыслу царского, что Борис, видя, как все полюбили Иоанна, боялся, чтоб после не возвели его на престол мимо сына его Федора. В 1604 году начались было переговоры о браке Ксении с одним из герцогов шлезвигских, но прерваны были несчастиями Борисова семейства. Годунов искал жениха для дочери и невесты для сына между владельцами грузинскими; о том же предмете велись переговоры с Австриею и Англиею.
Сношения с Австрийским домом продолжали носить прежний характер. В июне 1599 году Борис отправил к императору Рудольфу посланника, думного дьяка Афанасия Власьева, который ехал морем из Архангельска, норвежским и датским берегом, а потом Эльбою. На дороге гамбургское правительство встретило Власьева с честию, и он прославлял пред ним могущество и добродетели своего царя, рассказывал, как Борис при восшествии на престол велел дать служивым людям на один год вдруг три жалованья: одно – для памяти покойного царя Феодора, другое – для своего царского поставленья и многолетнего здоровья, третье – годовое. Со всей земли не велел брать податей, дани, посохи и на городовые постройки, делает все своею царскою казною. Да не только русских людей пожаловал, и над всеми иноземными милосердье его царское излилось: немцев и литву, которые по грехам своим были в ссылке по дальным городам, велел взять в Москву, дал поместья, вотчины, дворы и деньги, а которые захотели служить, тех принял в службу и годовым жалованьем устроил; торговым людям немцам дал по тысяче рублей, иным – по две тысячи, и многих пожаловал званием гостя. Бурмистры отвечали: «Слышали мы подлинно, что государь ваш дороден, счастлив и милостив, и за его к бедным немцам лифляндским жалованье по всей земле Немецкой во веки ему честь и хвала».
Нашедши Рудольфа в Пильзене, куда он выехал из Праги от морового поветрия, Власьев так говорил большим думным людям императорским: «Ведомо цесарскому величеству и вам, советникам его, что попустил бог бусурман на христианство, овладел турский султан Греческим царством и многими землями – Молдованами, Волохами, Болгарами, Сербами, Босняками и другими государствами христианскими, также, где была из давних лет православная христианская вера, – Корсунь город, и тут вселился магометанский закон, и тут теперь Крымское царство. Для избавы христианской царское величество сам своею персоною хочет идти на врага креста Христова со многими своими ратями, русскими и татарскими, сухим путем и водяным, чтоб Рудольфу цесарю вспоможенье, а православному христианству свободу учинить. Но царскому величеству и вам ведомо, что к крымскому хану водяного пути нет, кроме Днепра, а по Днепру города литовского короля и литовские черкасы; великий государь посылал к Сигизмунду королю посланника просить судовой дороги Днепром, но Сигизмунд и паны-рада дороги не дали и посланника к цесарскому величеству не пропустили. Король не хочет видеть между великим государем нашим и цесарем дружбы, а христианам добра, с турским ссылается и крымского через свою землю на цесареву землю пропускает. Да и прежде от польских людей над Максимилианом, арцы-князем австрийским, многое бесчестье учинилось. Так цесарское величество, подумав с братом своим Максимилианом и со всеми курфирстами, государю нашему объявил бы: как ему над Польшею промышлять и такие досады и грубости отомстить? А великий государь наш хочет стоять с ним на Польшу и Литву заодно».
