Его скульптуры и картины, как и работы Уорхола, Херста и Каттелана, изготавливают технические ассистенты. Его вклад заключается в замысле и дизайне и окончательном утверждении. Вместо шелкографии, как у Уорхола, он делает рисунки в полный размер и оцифровывает их. Готовый рисунок он сканирует и раскрашивает при помощи программы Adobe Illustrator. Ассистенты воспроизводят законченный образ на холсте.
В этом процессе рождается уникальный стиль Мураками; на его холстах не видно следов кисти. Он называет картины «суперплоскими» и утверждает, что нарочно избегает какой-либо иллюзии глубины и перспективы. Он говорит, что действует в русле двумерных образов, характерных для всей истории японского искусства, которые также можно видеть в манге и аниме. Еще он утверждает, что эти суперплоские картины выражают его взгляд на общество послевоенной Японии, в котором классовые и вкусовые отличия стали менее выраженными.
В 1993 году он создал свое альтер эго, своего Микки-Мауса. Он назвал его Мистер DOB и представил как японский символ. DOB — это сокращение от слов «Дободзитэ дободзитэ», что значит «Почему? Почему?». У Мистера DOB круглая голова, в которой читается его имя: буква D на левом ухе и В на правом и лицо в форме буквы О. Мураками помещал DOB на брелоки, футболки и коврики для мыши. Японские подростки, девушки и юноши, делали себе татуировки с Мистером DOB.
Персонажа можно увидеть на картинах и в скульптурах из надувных шаров. В одном скульптурном варианте DOB помещен в лес из грибов — это намек на две сброшенные на Японию атомные бомбы. В ноябре 2011 года на аукционе «Кристи» в Нью-Йорке Ларри Гагосян купил группу скульптурных грибов в мультипликационной манере под названием «DOB в странном лесу» (DOB in the Strange Forest, 1999) за 2,8 миллиона долларов. Как и в случае с Уорхолом, любое обсуждение творчества Мураками без упоминания стоимости его работ считается неполным; Мураками говорит, что она равна художественной ценности.
На данный момент Мураками больше известен скульптурами, чем картинами. Одним из лотов на аукционе «Карт-бланш» была Miss ko2 (1996). Это изображение бисёдзё («красивая девушка»), персонажа из игры Viable Geo. Предполагается, что Miss ko2 — невинная школьница ростом около 180 сантиметров, с огромными глазами, светлыми волосами ниже осиной талии и непропорционально длинными ногами. На ней обтягивающий костюм официантки, не скрывающий ее большой груди с торчащими сосками. Некоторые западные критики увидели в статуе педофилию.
