Однако летом того же года отца снова арестовали вместе с Гогоберидзе и еще одним товарищем. У Микояна был фальшивый паспорт на другое имя, и улик против арестованных не было, так что их освободили, но выслали в Грузию. Через некоторое время отец снова вернулся в Баку для подпольной работы, но уже с другим паспортом.
В сентябре крайком предложил направить в Москву Микояна для доклада о положении дел и координации действий по становлению советской власти в Закавказье. Путь в Москву был один: на рыбацкой лодке пять-шесть дней по Каспийскому морю в Астрахань, так же как ходили лодки, возившие бензин для Советской России. С большими трудностями, тайно, отец вместе с работницей крайкома Ольгой Шатуновской и несколькими другими товарищами отправился на лодке в Астрахань. Плавание было долгим и опасным. Почти на всем пути стояла бурная погода, на подходах к Астрахани патрулировали деникинские военные корабли.
Встретившись в Астрахани с Кировым, отец на попутном служебном поезде добрался в Москву, где был принят Лениным, потом присутствовал на II съезде коммунистических организаций народов Востока, на VIII Всероссийской партийной конференции и участвовал в работе Всероссийского съезда Советов. Микояна, которому было 24 года, на съезде избрали кандидатом в члены Всероссийского исполнительного комитета (прообраз Верховного Совета).
Пробыв в Москве около двух месяцев, отец в начале января 1920 года вместе с Ольгой Шатуновской и двумя товарищами выехал в Баку. Они добирались туда через Ташкент и Красноводск. Плывя на баркасе от Красноводска, хотели высадиться на побережье Азербайджана, чтобы нелегально пробраться в Баку, но компас испортился, они потеряли направление и попали в Петровск (Махачкала). Их встретили красноармейцы 11-й армии, штаб которой находился на станции в поезде. Здесь Микоян вновь увиделся с Орджоникидзе и Кировым, познакомился с командующим армией М.К. Левандовским и членом Военного совета К.А. Мехоношиным.
Он попросил, чтобы его направили в отряд бронепоездов. На первом из четырех бронепоездов в качестве уполномоченного реввоенсовета армии он и прибыл в Баку. В ночь на 28 апреля 1920 года, еще до подхода основных сил 11-й армии, состоялось провозглашение советской власти во главе с временным правительством – Военно-революционным комитетом и его председателем Н. Наримановым.
В 1928 году, когда чествовались ветераны Гражданской войны, Серго Орджоникидзе ходатайствовал перед наркомом обороны Ворошиловым о награждении восьми участников борьбы на Кавказе. В числе их были отмечены орденом Красного Знамени Киров и Микоян.
