Лесами алеут добирался несколько дней до селений индейского племени, враждовавшего с тлинкитами. Они и помогли ему добраться до русского торгового поста. От него русские и узнали о печальной судьбе своих соотечественников. Баранов принял единственно верное решение: вернуть Российско-Американской компании Ситкинский залив, оказавшийся в руках индейцев после захвата Архангельской крепости. Баранов сумел заключить союз с индейцами, не поддержавшими нападение на русскую крепость. Два года Баранов готовился к нападению на ситкинских тлинкитов. А подготовившись, двинулся в наступление. Свидетелем похода русских, алеутов и индейцев-чугачей на ситкинских тлинкитов стал экипаж большого парусного шлюпа «Нева», которым командовал Юрий Лисянский. Вместе с И.Ф. Крузенштерном он совершал первое в истории русского мореплавания кругосветное путешествие. 10 июля 1804 г. «Нева» вошла в гавань Святого Павла на Аляске. Здесь Лисянский узнал о том, что Баранов уже воюет в Ситкинском заливе с тлинкитами.
Важным в этой войне с индейцами было одно обстоятельство: не все индейцы племени тлинкитов принимали участие в нападении на крепость Архангельскую, а лишь небольшая часть их. Войну начал главный ситкинский тайон (вождь) Котлеан, но большинство других племенных вождей не поддержало Котлеана, препочитая иметь с русскими хорошие отношения. Да и для русских нападение индейцев стало откровенном, ведь они не вмешивались в жизнь тлинкитов, для которых торговля пушниной с русскими была чрезвычайно выгодна.
Капитан Лисянский направил «Неву» в залив Ситка. По пути единственный уцелевший житель крепости Архангельской алеут с русским именем Савва рассказал капитану о причине нападения тлинкитов тайона Котлеана. В один из портов Аляски зашел английский корабль. Англичане прибыли за шкурами котиков. С английского корабля дезертировали три матроса. Они нанялись на службу Баранову, и русский управляющий Аляски отправил их в Архангельскую. Сбежавшие матросы стремились попасть в Бостон, на восточное побережье США, а путь туда был очень далек, Панамского канала еще не существовало, и чтобы попасть в Бостон морским путем, через два океана, минуя южную оконечность Нового Света — мыс Горн, требовались немалые деньги. На беду русских к Архангельской крепости подошла американская шхуна. Американцы, чрезвычайно ревниво относившиеся к русскому заселению на «их» континенте, вступили в сговор с беглыми британцами, а также подключили к этому делу и тайона Котлеана. За уничтожение русского форпоста в заливе Ситка американцы согласились доставить англичан в Бостон, а Котлеану посулили много ружей в обмен на пушнину. Путь эскадры Баранова был не близок. Только по прямой от острова Кадьяк, где он собирал флот, до Ситки было ровно 1000 километров. Собирая свое войско, Баранов двигался вдоль берега, что намного увеличило маршрут.
