Во главе резидентуры стоял официальный сотрудник СД, действовавший нелегально. Практическая деятельность разведывательной резидентуры СД в Литве оценивалась Берлином положительно, особенно в части приобретения источников информации в политических и военных кругах. Большую помощь СД оказывали проживавшие здесь выходцы из Германии. Стараясь сохранить видимость верной дружбы с Литвой и тесного сотрудничества, немецкие спецслужбы сумели завербовать одного из офицеров литовского военного министерства и получали непосредственно от него многие секретные материалы. Эффектно на немецкую разведку работал чиновник министерства иностранных дел Литвы Ионас Кутра
(Jonas Kutra)[41].В ноябре 1939 г. и в начале 1940 г. были установлены непосредственные связи между литовской «Жвальгибой»[42] и германским СД. Для этого были использованы личные контакты директора Департамента государственной безопасности МВД Литвы А. Повилайтиса с ответственными сотрудниками гестапо и СД и его поездка в Берлин в конце февраля 1940 г. — для ознакомления с криминалистическими лабораториями Германии. Во время этой поездки президент Литвы Антанас Сметона (Antanas Smetona) [43]поручил руководителю спецслужбы страны встретиться с представителями руководства Германии и проинформировать их о полной переориентации политики правительства Литвы, об их надеждах на помощь Германии, а также выяснить, согласится ли Германия принять Литву под свой протекторат. Он ещё не знал, что сталинское руководство СССР приняло германские «правила игры» и протокол от 28 сентября 1939 г. изъял из германской сферы влияния Литву. В Берлине к предложению президента отнеслись благосклонно. А. Повилайтису было заявлено, что Германия сможет взять Литву под свой протекторат к осени 1940 г., но во всяком случае не позднее завершения войны на западе. Одновременно А. Повилайтис заключил с гестапо соглашение о сотрудничестве в борьбе против коммунизма и агентов английской и французской разведок в Литве.
После вступления советских войск в Литву оперативные возможности СД претерпели серьёзные изменения. Несмотря на возникшие дополнительные проблемы, немецкие агенты на территории Литвы поджигали советские военные склады, торфоразработки, леса. Только в приграничном Таурагском уезде выгорело 400 га леса, в Тракайском — 200 га>{139}. До мая 1941 г. на территории Литвы было обезврежено 75 агентурных групп абвера и СД>{140}. Несмотря на потери, СД и абвер предпринимали усилия для сплочения и активизации антисоветских действий литовских патриотов-националистов. Об этом, в частности, свидетельствуют документы немецкого 800-го полка особого назначения «Бранденбург»
