Однако студентов воспитывали в православном духе. Наряду с латынью они изучали церковнославянский, русский, греческий, польский языки. Преподавателей сначала рекрутировали из европейских университетов, а потом стали взращивать в своих рядах; Петр Могила обеспечивал их средствами к существованию. Он же на свои деньги выстроил новое каменное помещение под школу, существующее по сей день, а перед смертью завещал любимому детищу библиотеку, содержавшую 2131 книгу, дома на Подоле и несколько сел. Однако он не успел добиться для «коллегии», которую в его честь стали именовать Киево-Могилянской, статуса высшей школы. Только 26 сентября 1701 года при ректоре Иосифе Крюковском она согласно указу Петра I была переименована в академию и стала первым в Восточной Европе православным высшим учебным заведением.
В том же году Эллино-греческая академия, основанная в 1687 году братьями Иоанникием и Софронием Лихудами при Заиконоспасском монастыре, стала называться Славяно-латинской[7]: в преподавании упор был перенесен с греческого языка на латынь. По истечении четырех лет ученики свободно читали и писали на этом языке, а еще через два года могли говорить на нем, чтобы осваивать стихосложение, красноречие и богословие.
Царь Петр, конечно же, не мог не думать о том, чтобы и в России появился университет не хуже иноземных. В 1697 году, оказавшись в ходе своего европейского турне в Кёнигсберге, он, как вспоминал великий немецкий ученый Готфрид Лейбниц, «осмотрел в городе все любопытства и не оставил в городе никаких ремесленников без посещения и без осмотра работ их, он познакомился с профессорами и требовал у них наставления, как бы удобней завести науки в народе непросвещенном и предрассудками зараженном». В Англии помимо арсеналов, доков, музеев и кабинетов редкостей государь посетил Гринвичскую обсерваторию, Королевское общество (аналог Академии наук), где, как говорят, встречался с Исааком Ньютоном, и Оксфордский университет.
Вскоре по возвращении в беседе с патриархом Адрианом он выразил недовольство московской академией: там мало кто учится и нет надлежащего надзора. Петр хотел иметь школу, из которой бы «во всякие потребы люди происходили, в церковную службу и в гражданскую, воинствовати, знати строение и докторское врачевское искусство» и которая избавила бы отцов, желающих обучить своих детей «свободным наукам», от необходимости обращаться для этого к иноземцам. Но осуществить свой амбициозный план царь не успел.
