Но эта открытая, официальная деятельность забирала у деятельного Шептицкого только часть времени. Особую активность он проявил как духовный шеф и наставник обеих организаций, созданных австро-немецкой разведкой — «Союза освобождения Украины» и «Главной Украинской Рады». В это же время владыка создает сеть секретной агентуры в Надднепрянской Украине, проводит тайные совещания с влиятельными деятелями Центральной Рады на тему об устройстве будущей «самостоятельной» державы; выступает (как знакомо!) с проектом создания «украинского патриархата», который по его мнению, должен был стать духовной основой «украинской державности».
Вернувшись в Петроград, Шептицкий пытается добиться от Временного правительства права на легализацию «униатской церкви в пределах всей России». Одновременно пытается вести переговоры с представителями русского православия о том, не будет ли возможности в условиях революции «приблизить православную церковь к католической». Правда, вести эти переговоры на равных митрополиту мешало одно обстоятельство: он не имел на руках секретного акта, которым Ватикан уполномочил его действовать в пределах всей России. Этот документ лежал в архивах российской контрразведки. Однако с помощью своих влиятельных друзей и некоторых приверженцев из Временного правительства владыке удалось достать не только этот ценный документ, но и большинство бумаг, изъятых у него из львовского тайника во время войны.
Едва легализовав свою деятельность, Шептицкий тут же, без согласия Временного правительства, созывает в Петрограде так называемый «собор униатских деятелей в России».
По завершении этого мероприятия владыка обратился к Временному правительству с официальным заявлением, где указал: «Со времен Петра Великого Россия неуклонно приближается к западной культуре, и это для нее является не вредным, а наоборот — полезным. Несмотря на то, что Россия использует достижения западной культуры, она и далее до сих пор является русским государством. Одно дело не завершено до сих пор, а именно: церковное. Никто не разобрался до сих пор в вопросе, — приближение к западной церкви связано для России с пользой или вредом. Если это дело рассмотреть всесторонне, можно убедиться, что для России не будет никакой опасности от приближения к западной церкви…» После этого Временное првительство не только легализовало греко-католичнскую церковь в России, но и стала приглашать Шептицкого на все официальные совещания по церковным вопросам.
