После возвращения в декабре русских полков из-под Выборга Голицын стоял с большим полком в Новгороде. В марте 1594 года Голицына направили во главе большого полка в Тулу. Тогда же с ним вступил в местнический спор воевода князь П. Буйносов, но спор проиграл, и царь «князя Петра велел выдати головою князю Василью Голицыну». В 1598 году В. В. Голицын – второй воевода в Смоленске. Тогда же он местничался с боярином и воеводой князем Т. Р. Трубецким, и, несмотря на уговоры и угрозы патриарха Иова, «воевода князь Василей Голицын списка [детей боярских] у него не взял и дел с ним вместе не делает». В сентябре 1599 года Голицын был пожалован в бояре. В 1599–1602 годы он – первый воевода в Смоленске: «…и князь Василей отпущен к Москве, а на его место в Смоленску велено быть боярину и воеводе князю Никите Романовичу Трубецкому».
В конце 1602 года князь Д. М. Пожарский сделал донос царю на князя Б. М. Лыкова, «что будто он, князь Лыков, сходясь с Голицыными да с князем Борисом Татевым, про нево, царя Бориса, разсуждает и умышляет всякое зло». Несмотря на это, Голицын не подвергся никаким гонениям, более того, летом 1603 года он сопровождал Бориса Годунова на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. В 1603–1604 годах Голицын служил судьей Московского судного приказа.
Когда в Москве было получено известие о появлении Лжедмитрия I, Голицын вошел в число воевод ополчения, которое под начальством князя Мстиславского занимало Брянск, затем Борис Годунов назначил его командовать передовым полком в войске, направленном против самозванца, а зимой 1604–1605 годов Василий Васильевич участвовал в сражении под Новгородом-Северским и в осаде Кром. Под Новгородом-Северским Лжедмитрий встретил отпор, а затем (в битве при с. Добрыничах) был совсем разбит и прогнан на самый край Московского государства, в Путивль. Однако дело его не было проиграно. На востоке от Путивля, в новых городах, устроенных тогда на «поле» против татар, казаки и служилые гарнизонные люди, возбужденные агентами самозванца, подняли восстание во имя царя Дмитрия; собравшись целым войском, они пошли на север и засели в городке Кромы. Воеводы царя Бориса, узнав об этом, бросили разбитого самозванца в Путивле и двинулись осаждать Кромы. Крепкий городок не сдавался, осада затянулась до весны 1605 года, и войско Бориса, утомленное трудным зимним походом, пришло в расстройство. В это время, в апреле 1605 года, царь Борис неожиданно умер.
