Прежде чем присужденная премия была выдана, Энгельгардт подвергся аресту, заключению в Петропавловскую крепость и высылке затем в свое имение за революционную деятельность. Непременный секретарь академик Веселовский, игравший в академии главную роль, предложил отменить присуждение премии.
— Мы — храм чистой науки, — проповедовал он, — мы должны стоять в стороне от политики!
— Это довод не научный! — отвечал Бутлеров.
— Да неужели же Энгельгардт в самом деле заслуживает премии? — с злобной язвительностью спросил Веселовский.
— Я имею привычку руководствоваться в своих мнениях и поступках искренним убеждением, — отвечал непокорный адъюнкт.
Не раз в жизни приходилось Бутлерову сталкиваться во мнениях с учеными-собратьями, не раз из-за таких столкновений он вставал в резкие отношения с некоторыми из них. Но никогда еще и никто не сомневался в чистоте и искренности его намерений и побуждений.
— Для этих господ искренность убеждения, чистота намерений гроша медного не стоят, — говорил Николай Николаевич в ответ на возмущение Бутлерова после столкновения с Веселовским. — А вот возьмите-ка, друг мой, устав академии, проштудируйте его, да на него в таких случаях и ссылайтесь!
Устав гласил, что «Академия наук есть первенствующее ученое сословие в Российской империи», что «академии надлежит обращать труды свои непосредственно в пользу России», что «академии предоставляется право избрания на открывающиеся места академиков и адъюнктов»; причем «при равных достоинствах ученый русский предпочитается иноземцу».
То, что Зинин, а теперь и Бутлеров увидели в академии, не соответствовало благим намерениям авторов устава. Вакантные места в академии существовали, а оставались незамещенными, хотя русских ученых, имевших все права на избрание, было немало. Такое положение дела было тем более странным, что устав давал академии право избирать в свой состав отличных ученых «хотя бы и не было вакансий».
Непризнание русских ученых «первенствующим ученым сословием России» подтвердилось вскоре скандальным фактом с присуждением премии К. М. Бэра дерптскому ботанику Эдмунду Руссову.
Комиссия, присуждавшая премию, предпочла сочинение, написанное на немецком языке, работе И. И. Мечникова, написанной по-русски. Ботаник Н. И. Железнов и физиолог Ф. В. Овсянников сильно протестовали против такого решения большинства, считая более достойной премии работу Мечникова.
Бутлеров и Зинин не могли судить о работах не по их специальности. Возмутило их другое — обращение членов комиссии Брандта, Шренка, Штрауха и Максимовича к берлинскому профессору Брауну с просьбой дать разбор сочинения Руссова. Поэтому они присоединились к протесту Железнова и Овсянникова.
