Николай Николаевич считал законным желание студентов собираться для обсуждения своих академических дел. Он не возражал против отстаиваемого ими права критиковать своих профессоров или выражать аплодисментами им свое одобрение. Благодаря его смягчающему влиянию в глазах правительства Медико-хирургическая академия как будто стояла в стороне от «беспорядков», охвативших ряд высших учебных заведений в Петербурге.
Но с уходом Зинина из ученых секретарей положение изменилось. Весной 1869 года произошло несколько столкновений с администрацией из-за запрещения сходок и ареста студенческих старост. Студенты решили провести широкую демонстрацию. Узнав об этом намерении, правительство немедленно закрыло Медико-хирургическую академию, уволило Нароновича и даже запретило появление студентов в районе академии.
Нелепое распоряжение вызвало протесты и демонстрации в университете, в технологическом институте. Туда уже была направлена жандармерия.
В комиссию по расследованию беспорядков в Медико-хирургической академии назначили Зинина. Уволенного Нароновича заменили Николаем Илларионовичем Козловым; Николай Николаевич, однако, со всем своим авторитетом и у студентов и у правительства уже не мог ничего сделать. 15 июня 1869 года было опубликовано новое положение о Военно-медицинской академии. Все студенты числились состоящими на военной службе, получали стипендии, а при поступлении — обмундировочные и подъемные, жили же на частных квартирах. На прохождение курса в трех высших классах принимались студенты университетов из естественников и медиков, прошедших два первых курса.
Преобразованная Военно-медицинская академия не стала узковедомственной школой военных врачей, так как изменилась лишь внешняя структура академии, к тому же разработанная в основном Комиссией по выработке нового устава академии, куда входили Глебов и Зинин. Все учебные программы и основы, на которых они строились по принципу Зинина, остались неприкосновенными. Новым было только положение военнослужащих, распространенное и на профессоров и на студентов.
«Признаюсь, — писал Сеченов в своих автобиографических воспоминаниях, — очень была мне не по вкусу перемена тона в высших слоях академии с тех пор, как не стало истинно доброжелательного к академии Дубовицкого, как ушел заместивший его временно добрый старик Наронович и ушел из академии Н. Н. Зинин».
Два известных в истории науки эпизода характеризуют этот новый тон, воцарившийся в Военно-медицинской академии. В 1870 году освобождались две кафедры в академии — зоологии и гистологии. По уставу академии каждый из членов конференции мог выставить обоих кандидатов, и Сеченов предложил на кафедру зоологии уже получившего европейскую известность Илью Ильича Мечникова, а на кафедру гистологии — Александра Ефимовича Голубева, профессора ветеринарного института, окончившего курс Медико-хирургической академии и прошедшего стаж у крупного гистолога Роллета вместе с Сеченовым.
