Якубович не один выражал сожаление о новейших требованиях министерства да заодно и об уходе Зинина с должности ученого секретаря. Все видели, что Медико-хирургическая академия за последние десять лет начала сильно возвышаться и процветать. Но большая часть профессуры, состоявшая из средних ученых, скучавших на теоретических докладах, поддерживала новую политику. В ожесточенных спорах о том, должна ли быть Медико-хирургическая академия школой или подлинной академией врачебной науки, как довод то с той, то с другой стороны фигурировали «Рефлексы головного мозга».
В 1866 году «Рефлексы головного мозга» вышли отдельной книгою. Вскоре после выхода ее в свет на книгу по распоряжению цензуры был наложен арест. Под арестом она находилась более года, в течение которого между министрами внутренних дел и Министерством юстиции шла переписка и переговоры об уничтожении книги и предании автора суду по одной из статей Уложения о наказаниях.
Статья эта карала авторов сочинений, развращающих нравы или противных нравственности и благопристойности. Однако прокурор Петербургской судебной палаты нашел, что «в помянутом сочинении профессора Сеченова нет ни одного места, которое можно было бы осудить с этой стороны».
«Таким образом, — указывал прокурор дальше, — учение, заключающееся в сочинении «Рефлексы головного мозга», если и есть основание признавать оное заблуждением, может быть опровергаемо только путем научных доводов, но не путем судебных прений в уголовном суде».
Так как в Уложении о наказаниях статьи о наказании за материалистические взгляды не было, то в конце концов книгу Сеченова из-под ареста освободили и пустили в продажу. Но репутация неблагонадежного человека сопровождала автора до последних дней жизни. Тень неблагонадежности упала и на Медико-хирургическую академию.
В самый разгар ожесточения и споров, весной 1868 года, умер от рака легкого Дубовицкий. Если раковые опухоли развиваются на нервной почве, то можно сказать, что Дубовицкий был первой жертвой разыгрывавшихся событий. Президентом назначили добродушного старика, хирурга Павла Андреевича Нароновича, но его вскоре пришлось сменить более жестким человеком.
Охватившее ряд учебных заведений страны студенческое движение за свободу академических сходок, кружков, землячеств в Медико-хирургической академии не выходило за пределы академических зданий, пока ученым секретарем — «первым лицом после президента» — был Зинин.
