Лучше других он понимал, что опираясь на авторитет церкви, а таковой был в народе, можно добиться очень многого. Трудно сказать, насколько его набожность была искренней (многие поступки, в том числе те, о которых говорилось выше, дают основание усомниться в этом), но внимание к священнослужителям, их нуждам он проявлял особое.
Еще будучи удельным князем, он сумел перевести метрополию Русской православной церкви в Москву. Это был дальновидный шаг, позволявший московскому князю влиять на духовную жизнь других русских княжеств.
Первым митрополитом Русской православной церкви, покинувшим Киев еще в 1299 г., был Максим, обосновавшийся во Владимире. Иван Калита настолько сблизился с его преемником Петром, что тот захотел перенести свое местопребывание в Москву при условии, что князь выстроит храм, достойный его звания и положения главы русской церкви.
Историк Соловьев приписывает митрополиту Петру такие слова: «Если меня, сын, послушаешься, храм Пречистой богородицы построишь, и меня успокоишь в своем городе, то и сам прославишься больше других князей, и сыновья и внуки твои и город этот славен будет, святители станут в нем жить, и подчинит он себе все остальные города». Пророческими оказались эти слова.
Иван Данилович построил для митрополита Петра первую в городе каменную церковь Успенья Богоматери. Потом появилось и множество других храмов. Не будет преувеличением сказать, что слава о Москве, как городе «сорока сороков церквей», восходит еще к тем временам. Петр был похоронен в Москве, и его гроб стал священной реликвией для русских людей.
На смену умершему Петру из Византии прибыл митрополит Феогност, который основал в Москве кафедру. Этот шаг следует считать одним из наиболее значительных в реформаторской деятельности Ивана Калиты и его труде по собиранию Русской земли, что в значительной степени способствовало ее возвышению. Великий князь стал часто прибегать к помощи церкви в решении сложных государственных дел. В частности, когда должен был доставить ордынскому хану Узбеку мятежного князя Александра, организовавшего избиение татар в Твери. Александр нашел убежище в Пскове, жители которого готовы были насмерть стоять за него и не выдавать. Во избежание кровопролития, подступивший к Пскову с войском Иван Калита попросил митрополита воздействовать на псковитян. Феогност пригрозил им проклятием, и они отказали в защите мятежному князю.
Придавая большое значение религиозным символам и с целью сломить сопротивление тверских князей и бояр, подчинить их окончательно своей воле, Иван повелел снять самый большой колокол с тверской церкви Святого Спаса и привезти его в Москву. С.М. Соловьев называет этот акт «насилием очень чувствительным по тогдашним понятиям о колоколе вообще, и особенно о колоколе главной церкви в городе».
