Эта борьба за науку и ее права была в то же время борьбой за автономию и достоинство русской науки. Когда Зинин из Казани перевелся в Петербург, он уже застал в академии два враждебных лагеря, две партии. Одну из них называли «немецкой», другую — «русской».
Говоря о борьбе этих партий, было бы неправильно считать, что причиной розни было различие в национальности. Русские ученые относились с большим уважением к такому немцу, как профессор Грубер, который был глубоким знатоком анатомии и обучил ей не одно поколение русских врачей.
Дело было в другом.
В николаевские времена трудно было найти более верных «слуг престола» и более ярых реакционеров, чем прибалтийские бароны с их крепостническими обычаями и нравами. Недаром шефом жандармов Николай назначил одного из таких своих верных слуг — Бенкендорфа.
В Дерптском университете даже и в XIX веке господствовали в среде студентов-немцев средневековые традиции и связанный с этим консервативный дух. Врачи, выходившие из этого университета, за немногими исключениями, сохраняли и дальше консервативные традиции.
Диплом доктора медицины там было гораздо легче получить, чем в Петербурге или в Москве. И очень часто случалось, что талантливый русский врач, окончивший курс со званием лекаря, оказывался в подчиненном положении у менее образованного доктора медицины — немца.
Все это не могло не обострять розни.
Враждебные отношения установились и в Медико-хирургической академии — между русскими профессорами и выходцами из немецких университетов.
Раскол начался с тех пор, как в академию вступил профессор Э. Э. Эйхвальд, ставший ученым секретарем. Эйхвальд старался, как тогда говорили, «возвыситься в глазах начальства», выставляя свои заслуги перед наукой в противоположность «безыменным в научном отношении профессорам академии». По словам историка Военно-медицинской академии, «стремление стать выше других, явное предпочтение всего иностранного, немецкого, и презрительное отношение к старым деятелям русской школы, естественно, должны были вызвать неудовольствие и энергический отпор».
Чем дальше, тем непримиримее становилась вражда этих двух партий. На одной стороне были консервативные взгляды и кастовая, цеховая ограниченность; на другой стороне — демократизм, горячий интерес к жизни, любовь к России.
Естественно, что передовое студенчество не долго выбирало, к кому примкнуть. В глазах студентов Зинин был и большим ученым и борцом за прогресс. Все в нем пленяло молодежь. Он был не только блестящим лектором и передовым общественным деятелем, но и обаятельным человеком. С первых же встреч Бородин был очарован Зининым. И это не было преходящим увлечением. Через много лет, когда Бородин уже был немолодым профессором, он и Бутлеров написали для «Журнала Русского физико-химического общества» статью об их общем учителе, который незадолго перед тем умер.
