Помимо более или менее крупных городов Херсонесской хоры подтопленными оказалось и множество небольших укрепленных и неукрепленных античных и средневековых поселений Западного берега Крымского полуострова.
Суровый и безводный Тарханкутский полуостров отсечен от Западного Крыма узким и длинным, извилистым озером Донузлав. Много веков назад, когда уровень моря стоял на несколько метров ниже современного, берега Тарханкута были еще больше изрезаны удобными бухтами и гаванями, где греческим колонистам удобно было основывать долговременные поселения. Особенно плотно было освоено южное побережье Тарханкутского полуострова. Здесь на 20-километро>: вой береговой полосе обнаружено около 15 херсонесских поселений, это половина всех открытых на Тарханкуте и почти 40% всех известных на северо-западе Крыма городов.
Другой тоже густозаселенный район находится к северо-востоку от Калос-Лимена. Вблизи западной оконечности Донузлавского перешейка стоит городище Беляус — возникшее в IV в. до н.э. укрепленное херсонесское поселение с мощной многоэтажной квадратной (10x10 м) башней. У самого берега стоят омываемые штормовой волной остатки тесаных рустованых квадров. Огромный противотаранный каменный пояс башни подтоплен снизу подземными водами.
Особый интерес представляет античное поселение, заложенное в IV в. до н.э. на берегу Ярылгачской бухты неподалеку от озера Панское (Сасык). Две с половиной тысячи лет назад этого озера вообще не существовало. Бухта была узкой, имела длинные извилистые рукава, а на месте нынешнего озера лежала низкая равнина с плодородной землей. Затопленные морем рукава залива были очень удобны для стоянок кораблей. Со временем море поглотило цветущую некогда долину с жилыми домами и хозяйственными постройками поселка Панское. По-видимому, основные здания и сооружения древнего поселка Панское лежат ныне на дне озера и покрыты толстым слоем ила. На обоих берегах озера найдены укрепленная и неукрепленная усадьбы, а на его дне на глубине 3–3,5 м обнаружены заиленные камни и глиняные черепки.
Так же как в Беляусе, около поселка Штормового, в 3 км от моря, неподалеку от села Хуторок есть озерцо, на дне которого на глубине 2,5 м и на площади 100x150 м найдено большое скопление античной керамики и хорошо обработанные известняковые строительные блоки. Можно предположить, что здесь тоже когда-то воды не было.
Подтоплению подверглось и больше половины территории раскопанного городища с культурными слоями IV в. до н.э., которое расположено вблизи озера Кизил-Яр. Здесь на площади 0,5 га на глубине от современной поверхности земли менее 1 м стоят в воде фундаменты жилых домов древних греков-херсонесцев.
