15 ноября 1996 года военные снова восстали. События достигли кульминации 5 декабря 1996 года, когда президентские гвардейцы похитили и убили после пыток министра внутренних дел Кристофа Греломбе и его сына. Их обезглавленные тела были выброшены на дорогу перед президентским дворцом. Двумя днями раньше повстанцы перебили французский патруль — солдат и унтер-офицер были застрелены в спину. Ответ Франции был немедленным и очень жестким. В ночь на 8 декабря был уничтожен штаб повстанцев, более десяти видных командиров были убиты, еще 30 попали в плен. Их французы передали властям, нетрудно догадаться, что судьба их была незавидной. Но во Франции столь решительные действия армии вновь попали под огонь критики, отечественная пресса обвиняла ее в том, что она сражается не на той стороне. Президент Ширак пытался оправдаться, заявляя, что такое решение было вызвано необходимостью отомстить за убийство французских солдат.
В данной ситуации Елисейский дворец оказался перед трудным выбором — полностью самоустраниться или продолжать оставаться «жандармом Африки». В обоих случаях он становился объектом жесточайшей критики. Но спасительное решение было найдено — миротворческая миссия африканских стран MISAB (Mission Interafricaine de Surveilliance des Accords de Bangui). 800 солдат из Буркина-Фасо, Чада, Габона, Мали и Того размещались между мятежниками и правительственными войсками. Финансовое обеспечение миссии (600 тысяч долларов в месяц) взяла на себя Франция. 25 января 1997 года было подписано в Банги соответствующее соглашение при посредничестве группы глав государств Западной Африки. При этом французская группировка (1,3 тысячи бойцов) осталась в стране. Формирование президентских частей взял на себя капитан Поль Барриль — заместитель командира элитного антитеррористического подразделения Елисейского дворца. В апреле 1998 года MISAB сменила MINURCA (Mission de Nations Unies en RCA) — контингенты 14 африканских стран и Франции (почти 1,6 тысячи военных и полицейских). Но 28 февраля 1999 года последний французский солдат покинул ЦАР.
На выборах в сентябре 1999 года победил Анж-Феликс Патассе. В ночь с 27 на 28 мая 2000 года его дворец атаковали хорошо вооруженные коммандос генерала Колингбы, но после отчаянной перестрелки они отступили. В ноябре 2001 года сторонники начальника Генштаба вооруженных сил ЦАР генерала Франсуа Бозизе и правительственные части при поддержке ливийцев и заирцев развернули пятидневное сражение на улицах Банги. Обращение Патассе за помощью к ливийскому лидеру Муаммару Каддафи определило его судьбу. Франция поддержала Бозизе, который с помощью президентов Габона, ДРК, Чада и Конго сформировал свою президентскую гвардию «Группировка 4». В марте 2003 года колонны повстанцев, в которых основную ударную силу составляли чадцы, двинулись на Банги. Миротворцы не препятствовали их движению. 15 марта повстанцев вошли в столицу. Патассе был в этот момент в Нигере на саммите стран Центральной Африки. Франция осталась безучастной к его просьбам о военной интервенции. В ЦАР были посланы лишь 300 солдат в рамках операции Boali для защиты французских граждан. В ходе развернувшейся затем гражданской войны (2004-2007) между сторонниками Бозизе и Патассе французские войска сохраняли нейтралитет, ограничиваясь подготовкой частей регулярной армии ЦАР и поставками вооружений и автотехники.
