Сам Шереметев не имел возможности много времени уделять строительству. Большую часть времени после свадьбы он провел на Украине, командуя войсками, которые прикрывали южные рубежи России, а затем возглавлял русские войска, действовавшие против шведов в Померании и Макленбурге.
В июне 1718 года фельдмаршал был вызван в Петербург для участия в суде над царевичем Алексеем. Но Шереметев, здоровье которого было подорвано многолетней войной и утратой любимого сына, не поехал, сославшись на свою тяжелую болезнь. Петр полагал, что Шереметев просто не хочет ехать, сочувствуя царевичу Алексею, но у Бориса Петровича не оставалось сил даже на то, чтобы поехать на лечение на воды, и вскоре он скончался.
Шереметев желал, чтобы его погребли в Киево-Печерской лавре, где была могила его сына, и где сам он хотел принять постриг, но Петр распорядился, чтобы могила первого российского генерала-фельдмаршала была устроена в Александро-Невской Лавре. Прах Шереметева был доставлен в Петербург, где были устроены пышные похороны. Петр I сам шел за гробом, горюя о такой потере, а на надгробии были высечены следующие слова: «Лета от Рождества Христова 1719, февраля 10 дня, преставился в Москве раб Божий, Российских войск первый генерал-фельдмаршал тайный советник и военный кавалер Мальтийского славнаго чина, св. апостола Андрея и прочих орденов, граф Борис Петрович Шереметев; а тело его, по повелению царского пресветлого Величества, самодержца Всероссийского, из Москвы привезено в царствующий град С.-Петербург и погребено во Троицком Невском монастыре апреля 10 дня 1719. Сей надгробный знак возобновлен в 1791 графом Николаем Петровичем Шереметевым».
Несмотря на то, что большую часть времени, которое длился его второй брак, Борис Петрович провел фактически на войне, за эти шесть лет Анна Петровна родила ему пятерых детей. В Прилуках родился его первый сын Петр, затем, меньше чем через год, – дочь Наталья. Второй сын, Сергей-Август, родился в Польше, в Межеричах, и его крестным отцом стал польский король – это было вызвано политическими причинами и символизировало мир между государствами. В 1716 году также за границей родилась дочь Вера, а за четыре месяца до смерти отца появилась на свет самая младшая дочь Екатерина. Главным наследником всего имущества фельдмаршала стал его старший сын от второго брака, Петр Борисович, которому к тому времени исполнилось пять лет – «Указ о единонаследии» запрещал дворянам делить вотчины между детьми, требуя завещать все недвижимое имущество старшему из сыновей. Указ этот был отменен в декабре 1730 года, но в материальные претензии впоследствии были вовлечены еще четыре поколения потомков графа.
