Состояние церкви было, неудовлетворительным и в приморских городах. Это стало очевидно на местном соборе, состоявшемся в 1199 г. в Баре под патронатом Вукана Неманича и в присутствии папского легата. На соборе обсуждались как общие вопросы дисциплины среди священников и отношений церкви с миром, так и ряд конкретных проблем, связанных прежде всего с устранением сильного светского влияния на церковь. Особенно собор настаивал на отмене практики покупки церковных чинов за деньги (симония).
Конфессиональная разделенность, по всей видимости, не миновала и членов правящей сербской династии. Вукан называл себя «верным сыном римской церкви», но, когда он стал правителем всей Сербии, папа все-таки потребовал от него и всех его подданных присягнуть на верность Риму (1203), стремясь тем самым укрепить их в «истинной вере». Стефан Неманич писал, обращаясь к папе, что также хотел бы назваться «верным сыном римской церкви». Однако это ничуть не помешало ему вместе с братом обратиться с целью решения проблемы церковной организации в Сербском королевстве к византийской стороне.
После падения Константинополя и резкого увеличения числа областей, попавших под юрисдикцию римской церкви, некоторые греческие архиереи и часть греческого священства признали верховную власть папы и согласились присягнуть ему на верность при условии, что он пообещает не касаться их вероучительных истин, обрядов и традиций. Преемники же константинопольских патриархов и греческие священники, не признавшие власть папы, вынуждены были удалиться в необжитые области, и, таким образом, резиденцией вселенского (византийского) патриарха стал город Никея в Малой Азии. Никейский патриарх признавал законными тех самопровозглашенных императоров, которые боролись за возрождение Византийской империи.
Следует отметить, что на востоке Империя понималась как политический и церковный союз, в котором император и патриарх в полном согласии (симфонии) друг с другом выполняют каждый свои обязанности. Империя, понимаемая таким образом, служила идеальным образцом государственного устройства для всех стран и политических объединений. Было вполне естественным считать, что в систему государственного устройства должна входить и автокефальная церковь. В житии Саввы, написанном его учеником Доментианом, говорится, что Савва, обращаясь к византийскому патриарху с просьбой учредить сербскую автокефальную церковь, произнес следующие слова: «Надо, чтобы сербский архиепископ был посвящаем в сан в своем отечестве, поскольку оно “с Божьей помощью самодержавное”».
