Эта церковная разобщенность нашла символическое отражение в личности самого Стефана Немани, родоначальника династии, впоследствии признанного святым. По словам сына, он был крещен в городе Рибница (у современной Подгорицы) «латинскими иереями», а намного позднее заново крестился в Расе. Этот факт свидетельствует как о понимании различий между католичеством и православием, так и о реальной конфессиональной разделенности государства. Складывается впечатление, что своим новым крещением Неманя хотел исправить какую-то ошибку.
Самое важное конфессиональное различие касалось отношения к славянскому языку богослужения и, соответственно, к алфавиту и богослужебным текстам. В областях, подчиненных папе, со священниками, служившими на славянском языке, а также с распространением славянских богослужебных книг велась борьба. Еще в 927 г. собор в Сплите постановил запретить рукоположение священников, не знавших латинского языка. Эта ситуация обострилась еще более в XI в., когда на территории Адриатического побережья стали сказываться последствия разделения церквей. Употребление в областях, подчиненных папе, глаголицы, славянского письма из наследия Кирилла и Мефодия, ограничивалось узким поясом северной части Адриатического побережья и прилегающих к нему островов.
Иерархи Константинопольской патриархии относились к богослужению на славянском языке более терпимо; особенно это касалось обширной территории Охридского архиепископства, где сохранялись традиции славянского богослужения болгарского периода. И даже несмотря на то, что следствием терпимого отношения к славянскому языку была языковая пропасть, возникшая между образованными иерархами-греками и их славянской паствой, вследствие чего греческие священники чувствовали себя среди славян как в изгнании, славянское богослужение все же продолжало распространяться. В восточных и центральных частях Охридского архиепископства славянские тексты писались уже на кириллице и приобретали черты разговорного языка той местности, в которой использовались. Об этом свидетельствуют такие памятники, как Мирославово Евангелие конца XII в., Вуканово Евангелие начала XIII в. и некоторые другие древние рукописи.
На территориях Сербского королевства, находившихся в церковной юрисдикции Византии, существовала целая сеть приходов, через которые оказывалось влияние на верующих. В приморских католических епископствах подобной организации, где бы с верующими занимались католические священники, не было. Христианскую жизнь здесь поддерживало местное монашество; прибывшие в эти земли в начале XIII в. посланники папы застали его, однако, в весьма запущенном состоянии. Состояние паствы в Боснии как с точки зрения дисциплины, так и в отношении сопротивляемости различным ересям тоже было крайне неудовлетворительным, хотя формально католический епископ Боснии подчинялся архиепископу Дубровника. Около 1230 г. прибывшие в Боснию папские делегаты обнаружили, что боснийский епископ не знает формулы крещения и живет в одном селе с еретиками-дуалистами.
